記述が不正確でした。
/ATセットアップして
B:RAMdrive
C:HDD
の二つがDOS互換モードになってます。

IDEコントローラはリソース問題なし。…ん〜？手動設定になってます。
ひょっとして表にでてない競合があるんでしょうか？

無知で申し訳ないんですけど
>NECEGC3A
って　なんですか？

NS/RにWin95を入れた（インストール自体は他のPCで）時，どうあがいてもHDDがDOS互換モードから脱出できませんでした．デスクトップのBX等では内蔵IDEがDOS互換になるロットがあるそうなので，うちのNS/Rもスカロットだったのかと勝手に考えているのですが…

＞NECEGC3A
不明なディスプレイアダプタとしてWin95をセットアップし、
再起動後にインストールすることによって、
EGCをVGA互換16色のデバイスとしてWin上で使えるようにするフリーウェアです。
今回のトラブルで過去ログをチェックしたところ、えぷ板で昔ちょこっと話題になっていたようです。

昨晩、HDDをDISKINIT後、再セットアップを敢行しましたが、状況は変わらず。
もう一度デバイスをチェックすると、
なんとHDDがWin上から認識されていません!?
おまけにFDDが5.25inchとして認識されています??
これが原因かと思い、セーフモードで立ち上げてコントローラを削除、
再起動後にハードウェアウィザードでコントローラのドライバを入れて再び起動。
しかし、HDDはやはり認識されておらず、FDDも3.5inchとしては認識されず…

もうお手上げです。

どうしたらよいのでしょう。

＞NECEGC3A
はぁ　なるほど。

では　ふつーにセットアップしたらどうなりますか?
RAMdriveもNECEGC3Aも/ATコマンドも使わずに　ふつーに。

＞ふつーにセットアップ
ん〜、だめですねえ。
やっぱりHDDは認識されないし、FDDも5.25inchのままです。

ちなみにNECEGC3Aなしだと毎回「不正なディスプレイアダプタです」と警告されてしまいます。
NAのラップトップディスプレイパネルは400ラインだし、
VGA対応チップは積んでないハードなんで当然だとは思いますが。
＃そういえば総額7600円さんはこの問題をどうクリアされていたんでしょうか?
＃NS/Rも400ラインのはずですが。

何気にE-IDE対応だし、これでコプロかアクセラレータさえ手元にあればいいマシンなんですけどねえ。
(だったらDOSでつかえよって話もありますが、外部CRT用変換コネクタと拡張Cバスボックスが無いと、まともなDOSゲーム機にはならないんですよね。残念。)
ただ、この状態でも、FONTを軽くしてやればWin版一太郎ぐらいなら使えそうではあるんですが(笑

>やっぱりHDDは認識されないし、FDDも5.25inchのままです
９８ＮＯＴＥメニューの初期化から行ってもだめですか？
ＨＤＤが認識されていないのは　そのＨＤＤは他の機種で
使えているようですので単にコネクタの差し方が甘いだけ
のような気がします。

（本来ならここまでする必要はありませんが）別のPC-98を
お持ちのようですので　そちらでもう一度Diskinit-Fdisk-Formatまで
行い　それから付け直してみてはどうでしょう？

お持ちであれば付属のシステムディスクでインストール。
ご自分で作った起動ディスクであれば　その中身が解れば
DOS互換モードで起動する点については　なにか回答が
得られるかもしれません。

>NAのラップトップディスプレイパネルは400ラインだし
PC-98って　基本的に全て640×400ではないのですか？
>不正なディスプレイアダプタです
これは　過去ログをみていただくと解りますが　
DirectX6.1を入れることで回避できると思います

PC-9801NS/TにWin95を入れた事がありますが、HDDのDOS互換モードは
ESDI_506.PDRを他のもの（規約違反になりそうなので書けない）に替
える事で解決しました。

>＃NS/Rも400ラインのはずですが。
怠け者なので単に毎回起動時のメッセージをキャンセルしてました(;´Д`) ゞ
多分，
http://www.vector.co.jp/soft/win95/hardware/se035982.html
が使えるとは思うのですが…
>DirectX6.1
NAは持っていないのでよくわからないのですが，マルイチ型番でオンボードGAがないと思いますのでDirectXは使えないのではないでしょうか？
>これでコプロかアクセラレータさえ手元にあれば
NA用のコプロセッサボードはNECの他，メルコとアイオーからも出ていましたが，CPUアクセラレータはコンピュータテクニカのものが唯一のようです（ODP-DX4-NA-S，i486DX4，3.44倍速：おそらくこれの前にDX2搭載のものがでていたと推測されます）．

なおBXの外れロットの場合，DOS互換モードからの脱出は，ヱ○機の修○モジュー○を使う方法（違法）があるそうですが，別な方法もあるそうです．
http://www.vector.co.jp/soft/win95/hardware/se035982.html
によれば，2000年分の過去ログにその方法があるらしいのですが，今の今まで発見できておりません(T_T)

＞コネクタの差し方
え〜と、ハードウェア的に認識してないわけじゃなくて、NA上ではWindowsって言うソフトウェアからHDDが接続されていることを認識してないってことです。
アクセス自体は(DOS互換モードとは言え)NAでもきちんと出来ますので、これはちょっと考えにくいんですが…

＞別のPC-98
HDD自体はXc16/S7上で初期化からformatまでして、
CDからフォルダコピー→NAにてセットアップしたものです。
一応別のHDDも使ってみましたが、結果は同じでした。

＞基本的に全て640×400
確かにベースビデオモードはそうですが、9821系などではあくまでもVGA互換(以上)チップから出力されている、と記憶しています。
Windows自体は最低でも640×480で動作するのが前提なので、これをごまかす(EGCをVGA互換チップとみなすようにする)のが冒頭のフリーウェアってわけです。

HDDのサイズはどれくらいですか？
昔Neに810MBのHDDを付けていた時、500MB以上の領域を確保しなかったにも
かかわらず、「DOS互換モード」になりました。

NAもHDD同様、540MB超のHDDには非対応ですから、もしお使いのHDDが540MB超で
あるのなら、それが原因かと思われます。

申し訳ない。やはり環境はきちんと書かなくてはいけませんね。
(割とパニくってました…はは)
HDD容量は最初に使ったものが340MB、もうひとつが540MBです。

そう言えば、過去ログに「2モードフロッピー搭載の98では、これを5.25inchとWindowsが誤認識する事が多い」って意味の記述もありましたけど、これもいまいち解決法がわからないようで…
私の検索の定義が悪いだけかもしれませんが。

あ、それから起動ディスクはパッケージ付属のものを、1.25MBフォーマットした実行ディスクを作って使ってます。
一応98汎用のはずなんで、特に問題はないものと踏んでいますが…
チェックしたほうがよいですかね？
ただ、これ(修正)に手を出すのは私の能力を超えるような(汗

>5.25inchとWindowsが誤認識
デスクトップ機の場合ですが，こういうログがあります：
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/pc-98/sled10678.html
BIOS144は，
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/pc-98/sled10678.html
実際に使ったことがないので詳細は不明ですが…

うにゃ　わたしのレベルではお手上げ〜(^^;

1.44MB非対応の、640KB/1.2MBな2MODE-FDDはWindows95上で5.25インチFDDと認識される
のは、そのとおりです。デスクトップ、NOTEの区別なくそうです。
HDDがDOS互換になってしまうのは、SP1だったか修正モデュールを当てることで修正可能
かもしれませんが(これは私の経験上).....

NAはITFでCPU IDが042HでないとCPUエラーをはいてしまうので、BIOS書き換えを行わないと
i487SXは交換不可能だと思っていたんですが、ちゃんと対応CPUアクセラレータが出ていたん
ですね(^^;;;;;

報告します。
その触法性にかんがみ、純粋に動作検証用として「ある環境」を一方のHDDにて構築してみました。(何をどうしたのか、はこれまでのレスの流れからお察しください)
…当たりでした(涙
しょうがないですね。
GUIの使えるDOSと思ってSMARTDRVでも組み込みましょう。
多少はパフォーマンスアップできるでしょうから。

144BIOS.sysに関しては、NAでは効果がないようです。
もうチョイ弄ってみてまた報告します。

＞対応CPUアクセラレータ
これ、今でも「ノート倶楽部」で売ってますよね。
まあ、値段があんまりなんで、購入することはないと思いますけど。
ノートな9821が数台買えちゃいそうな額なんだもん。

追加報告。
144Bios.sysですが、FD144.EXEと一緒に組み込んでやればいいようです。
なんでだ？
どちらにせよWindowsIOS.sysに記述してやらないとリアルモードドライバ扱いになりますが。

＃昨日、2000でメルコのマルチメディアボックス「NMB-G」が手に入ったのはいいけど、
＃Win95だとエラーはいて起動できない…セーフモードでも駄目でした。
＃たぶんどっかコンフリクトしてるんだろうとは思うんですが。
＃おまけに画面が壊れちゃうんでエラー内容がわかんないし。
＃まあ、NAだとCD-ROMが使えるって以外メリット無くてもったいないから、
＃使えなくてもいいんだけど。

と、言うわけで、今回は一段落、というところです。
アドバイスくださった皆様、どうもありがとうございました。

NAも私のスキルアップの礎ということで、これからもいじり倒していこうと思います。

締めにしたくせに自己フォロー。(苦笑

Ios.sys=>Ios.iniの間違いです。

後、E-IDEとしてこのマシンを使うにはBiosへの動的パッチソフトが必要です。