私は新しい環境になったとき（したとき）は　ファイルの整理をかねて　面倒でもすべて入れ直しています（単にリストアするときはよいのですが　この方が妙な不具合に悩まされないし）

で、移行ですが　デスクトップなどHDDが２台詰める機種がないとかなり難しいですね。

＃以下用意できることを前提に
まりもさんのdrvcpy2n.exe が　使えるのではないでしょうか？

又は MS-DOSから
XCOPYで パラメータ/R/I/S/K/Y/C/H/E/F　と言うのもあるようですね。

バックアップはSLIMさんの書かれているとおり、4GBの壁の無いデスクトップ機（もしくはATAカード搭載機）を利用し、ごっそりユーティリティーを使って移動してしまうのが早道では？a:windows内にあるwin386.swp以外のすべてをコピー＆ペーストで引っ越すという方法もあります。
必要なデータ類（メール関連やデータファイルなどなど）をフロッピーか外付けHDDに一旦退避させ、1からOSをインストールしなおすほうが無難かもしれません。

理想としては、オリジナルのWindows98SEのバックアップＣＤ−ＲＯＭを作って
リストア出来たならと考えているのですがポリポリｆ^^*)贅沢ですかね？（笑）

リカバリーＣＤを作成するのに必要なソフト等を紹介したホームページが有ります。
http://www5b.biglobe.ne.jp/~oh_lavie/
ここの「リカバリーCD-ROMを作る」をクリックしてみてください。

ＰＳ．　私の作成したソフト（ＢＡＫＸ）を紹介していただいているので、ＵＲＬを覚えていました。

＞外付けＨＤＤ２Ｇｂの
ということは、センチュリーのFormula2.5等を使うと言うことですか？
でしたら、先に新しいHDDを外付けにして、FormatとCopyを行えばよいかと。
外付けなら、8.4Ｇの壁も超えられますし、作業が楽です(^^)

#そういえば、98用DriveCopyを使ってみましたが…。
#コピー元とコピー先が同一容量でないとコピーできない…（汗

＞外付けＨＤＤ２Ｇｂ
(;^_^A アセアセ・・・　現在付いてるメルコのDSC-2000のことなんですが・・・・。

あや、そうでしたか（汗
まぁ、でもお金に余裕があれば購入されるのもよいかと。＞１万位しますが（汗