多分、リカバリーディスクが正常に動作していないものと思われます。
まず、基本的に内蔵ハードディスクを交換すると付属のリカバリーディスクはそのままでは利用できません。
詳しくは以下のサイトで説明と対処法がのってます。
http://www.ss.iij4u.or.jp/~b-itoh/ところで、話をもとにもどしすが、論理フォーマットとシステム転送をおこなっているのでしょうか?
なんか、上の説明を見る限りしてないような気が…
FAT32が設定できるということは、Win95OSR2のリカバリーディスクですよね。
ということは、Win95本来ののインストールプログラムをつかってセットアップ
しているわけではないので、論理フォーマット後、システム転送をしてからでないと
インストールはできません。(なんか変な日本語表現ですが…)
厳密には違うかもしれませんが、フォーマット&システム転送後にファイルを
コピーしているだけですから。
(バックアップCDの中にはWin95と同じディレクトリ構成でファイルが
置かれていますし…)