うちはNb10のHDDを3.2GBに換装しました。
わかる範囲でお答えします。

1.　使えますが、ネジの位置があわない可能性があります。
　　うちの場合はビニールテープで固定しています。
2.　4GBです。たいていの98デスクトップと同じです。
3.　中古じゃないと厳しいかもしれませんね。アイオーやメルコの箱入りは高いですし。
　　じゃんぱらの在庫をチェックしてみては？
4.　DOSでLANはかなり面倒です。あまり詳しくは無いですが(^^;
　　データと言うのがどんなものかよくわかりませんが、Windowsからではダメなんですか？
　　その方がLANに関してははるかに楽でしょうし。

簡単に解る部分だけですが。
１．２．接続と認識については４．３ＧＢまでの物ならば殆ど問題有りません、
　　　　それ以上の容量の物を取り付けると起動不能となります。
　　　　最近のタイプはネジ穴位置が違いますので標準搭載の物と取り替える
　　　　場合ＨＤＤパックに穴あけなどの加工が必要になります。

３．　　ソフマップ某中古ではＩ・Ｏ−ＤＡＴＡのHDNb-4.3Gが２４,８００円
　　　　HDNb-3.2Gが１７,８００円で有りました、昨年末の話ですので現在は
　　　　在庫状況や価格も変わっているかもしれません。
　　　　HDNb-4.3Gは現行製品（定価２９,８００円）の様ですので新品の
　　　　入手は容易だと思います。

４．については解りません。

3.2GBのバルクなのが、OVER TOP２で税込みで１０Ｋ円以下でしたよ
（あまり役に立たないかな？）

４．についてあまりコメントがないようなので…
どうしてもDOS+LANで転送する必要があるなら
メルコ製のLANカード(LPC2-T)なら簡単web(MS-DOS/Windows3.1)+簡単web95を使う方法
があります。過去にもいくつか話題があったはずです。検索してみてください
http://cham-reo.com/logsearch/
他にLANマネージャやNetWareといった方法もありますけど今となっては入手困難です。

LAN経由でバックアップしたノートパソコンのデータ、OS(windows)をHDDを取り替えた後に
ノートパソコンのハードディスクに書き戻のなら、以下の方法が簡単です。
IDEハードディスクを使える9821シリーズのデスクトップ(orタワー)を用意し、
これに2.5-3.5変換アダプタを取りつけた2.5インチHDD(ノート用)
を載せてこれでコピーします。この方法も過去ログ検索でいくつか引っかかるはずです。
2.5-3.5変換アダプタは1,000〜2,000円で売られています。

　みなさん返信ありがとうございました。
　Ａ・Ｍさんの言われるように、できれば丸ごとコピーみたいな感じでHDDを換装したいと思っています。変換アダプターは思いつきませんでした。この方法を最有力に考えてみたいと思います。ありがとうございました。
　ただ、換装できる（ネジ穴が合う？）ドライブを適当な値段で見つけるのが難しそうですね。