DOS/V用の2.5インチHDDでも問題なく認識します。
HDDにDOS/V用とかPC-98用とかは基本的にありませんので・・・
あと認識できる容量は8.4GBまでです。
それ以上のHDDの認識はptfmt98というソフトがあれば出来るらしいですが、現在入手困難です。

　8.4GBといえばそうなんですが、他にデスクトップ＋UIDE-98＋変換アタブタとかあれば解決できますし、（こっちは未確認ですが）一度AT互換機に接続して8.4GB超でフォーマットすれば使えたらしいです。
　認識自体は32GBらしいです。でもそのまま接続してフォーマット出来るのが8.4GB迄となります。

＞一度AT互換機に接続して8.4GB超でフォーマット

これはやめておいた方がいいかと思います。98とATではフォーマット形式が違うのでいろいろな問題が発生します。
たとえばAT互換機で確保・フォーマットした領域を98のWin95/98から「見る」ことはできますが、そこからWin95/98を「起動する」ことはできません。ＨＤが１台しかつけられないノートでは致命的では？

　すいません少し誤解があるようですから付け加えますと、一度AT互換機でフォーマットした後PC-98で使用するためにはDISKINITから始めるべきでしょうね。
　なにもAT互換機でフォーマットしたHDDをそのまま使用するなんてつもりで書き込みしたわけではありません。誤解を招く表現で申し訳ありません。
　ただし、この方法は情報が少なく確実にできるかどうか分かりません。

DISKINIT してしまえば、AT 互換機でフォーマットしたかどうかなんて関係なくなってしまいますが？

ほっぷさんが書かれているのは青札V200等の内蔵I/Fで8.4Gを超える領域を確保する手段として用いられているものですね。
この内蔵I/Fはそのままでは8.4Gを超える領域確保出来ないのですが(Win98のみで可能かどうかの確認を忘れたのでこの辺は不明です。それと未使用HDDの初回のみで、二回目からは不用)、UIDE-98MやIFC-USP-M2(私はM2ボードにDPTA-353000の全域確保にWin98SEとM2付属のDiskFormatterが必要でした)やPC/AT互換機で一度全域確保していればそれ以降は8.4Gの制約無く使えると言う物です。

恐らくその方法がそのまま使えるのではないかという事だと思います。