(1) FDDの故障の可能性が高いとは思いますが，それだけかどうかについては断言できません。また仮にFDDのみの故障だったとしても，FDDを正常動作品と交換すれば，その後PC-9801NAがずっと正常に動作し続けるとは限りません。古い機種なので，経年劣化によって，FDD以外の部分もあちこち弱ってきている可能性があるからです。
(2) 使用されているソフトがどのような作りのものか不明ですので，代替機としてどのような機種が必要となるかも不明と言わざるを得ません。PC-98のMS-DOSでしか動かないソフトであるのならば，基本的に代替機種もまたPC-98である必要があると思います。特に業務でお使いならば，それが一番と思います。ただし，PC-98ならばどれでも良いかというと，必ずしもそう言い切れません。制御計測ソフト，特に特注品では，特定の機種専用（PC-9801NAなど）として動作させるように作られているものがあるためです。従って，正常動作する同じ機種（PC-9801NA）に交換するのがベストです。
また，このことに関連しますが，PC-9801NAで機械制御ということは，RS-232Cで外部機器に接続という形態でしょうか。

・お使いのソフトについては，そのソフトを納入したところに問い合わせてみてはいかがでしょうか。
・業務でお使いの場合，費用の問題はありますが，PC-98の修理を専門に行っている業者に相談されるのがベストと思います。ウェブ検索すると何件かヒットします。

まずは、使用されているFDメディアを確認してください。

シャッターをスライドして開けて(本来はよくないことではありますが、他に方法がありませんので)
中の円盤に傷(特に同心円状に擦れた傷)やカビなどは見当たらないでしょうか。

傷やカビがあった場合、肝心のメディアがダメになってしまっていますので
FDDを交換しても意味がありません。(新しいFDDまで壊れる可能性があります)

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FDDを交換するには、98NOTE本体を分解する必要があります。

分解の手順自体は気をつけて行えばさほど難しくは無いのですが
キーボード周辺の上下のフレームを固定する爪が外れにくかったり
余裕が無くてコードをつなぎなおすのが大変だったりします。

場合によっては、FDDだけではなくて、正常に動作する本体ごと買ってしまって
ケーブルやHDDをそちらに付け替えてしまったほうが楽かもしれません。