ＣＤブートがだめなら、セットアップＦＤを4枚作って、ＦＤからの起動で行いましょう。

「Windows上でCD-ROMが正常に動き、ブートできないだけ」ならCD-ROMのi386フォルダをHDDにコピー。中にあるWINNT32.EXE(DOSモードならWINNT.EXE)を実行すればいい。
クリーンインストールしなければならないならCとは別パーテーションにi386フォルダをコピーしてWindowsの起動ディスクから本体を立ち上げ、Cをフォーマット。再起動後にi386のWINNT.EXEを実行する。

フレインさんが「Windows98起動ディスクで対象のCD-ROMを認識させることができる知識がある」なら、CD-ROMのi386フォルダを直接実行するのでもよい。

「CD-ROMが物理的に壊れている」ならばUSBメモリやMOなどを使ってi386をコピーするか、LAN経由でファイル共有して行えばよい。

訂正します。
誤：CD-ROMのi386フォルダを直接実行するのでもよい。
正：CD-ROMのi386フォルダにあるwinnt.exeを直接実行するのでもよい。