セットアップ CD の中身を HDD にコピーしてしまうのも1つの手です。(いわゆる CABS セットアップ)
1. CD-ROM ドライブが認識できる起動 FD から起動し、目的の HDD に対して、fdisk, format, sys を実行。
2. セットアップ CD の WIN98N ディレクトリをそのまま xcopy などを使って目的の HDD にコピーする。(この際、autoexec.bat, config.sys をコピーする必要はありません。)
3. HDD から再起動。
4. win98nsetup.exe を実行。
以上は Win98 の場合です。Win95 の場合はもう少し複雑で以下のような感じになります。
http://member.nifty.ne.jp/k-takata/9821note/cabsetup.html