再起動のときに指示されたとおりFD・CD共に取り出してからインストールを続行されたでしょうか。
以前、CDを入れたままにしていたらセットアップが続行できなかったような気がします。

PCの情報を確認する画面で、ディスプレイの設定を、「自動検出しない」にしてないと、
勝手に対応してないディスプレイドライバが当てられて、画面がだんだん変な色がにじんできて、
最後に真っ暗になりますが、そのことかな？
（NT用のドライバは別にちゃんと存在します＝「内蔵アクセラレータ（CIRRUS LOGIC社製GD7556）」）

早速の返事、どうもありがとうございました。
＞勝手に対応してないディスプレイドライバが当てられて、画面がだんだん変な色
がにじんできて、最後に真っ暗になりますが、そのことかな？

　そんな感じでしょうね。再起動した後、......が出て、それから真っ黒となります。
＞PCの情報を確認する画面で、ディスプレイの設定を、「自動検出しない」にしてないと

　注意してみましたが、このような設定項目に気がつけませんでした。どの段階でしょうか？

>どの段階でしょうか？
HDDにファイルのコピーをする前だったと思いますが（記憶が…）、
「これでよろしいでしょうか？」といった確認が出てるはずです。
画面の説明をちゃんと読んでからEnterを押すようにすれば気が付くと思いますが？
どちらにしろ、ディスプレイドライバを間違って当てられた状態では
再インストールしかないと思いますので、確認してみてください。
ちなみに、SetupDisk（FD）を使っていない場合（＝Win95などから直にインストールする方式）は、
どうだったか覚えていません。m(_ _)m

HDDの故障の線もあるかと思います。
私の所ではWin95/98SEはインストール/起動できるのに
Win2000のインストール中にNTカーネルで再起動後に止まる、
ということがあり一週間くらいしたらHDDが故障し使えなくなったことがあります。

＞「これでよろしいでしょうか？」といった確認が出てるはずです。
　ありました。ディスプレイの設定を、「自動検出しない」にしてない、と設定
しました。今度はIRQL_NOT_LESS_OR_EQUAL***のようなエラーメッセージが出て、
再起動してもだめでした。２回やっても同じ結果でした。
　

モニターには正常に文字が出ている様ですね。
エラーメッセージは不明ですが、Nr13S14の構成は純正品どおりでしょうか？
98ノートメニューも初期状態（内蔵FAXモデムのみ従来互換モードに設定）でしょうか？
LAN、SCSIからのインストールでしょうか？＝この場合は、NTのマニュアルをお読み下さい。
ディスプレイの設定の画面では、それ以外は触らずデフォルトのままでインストールしてますか？

>エラーメッセージは不明ですが、Nr13S14の構成は純正品どおりでしょうか？
メモリー３２Mを増設した以外、すべてNr13S14のオリジナル構成で、FAXも無。
インストールの設定ではディスプレイ以外、デフォルトのままでした。
　ただし、インストールの方法としてはCD-ROMのPC98フォルダをHDDのAドライブに
コピーして、winnt /bでやっていました。CD-ROMドライブとMS-DOSでのLAN通信
環境はないですから。
　やはり、だめでした。IRQ関係で出たエラーは、ほぼすべてのデバイスに関する
ものリストでした。

乗りかかった船ということで、
>PC98フォルダをHDDのAドライブにコピーして、winnt /b
にて、NR13（S1P＝S14とはキーボードが違うだけだと思う）にて、インストールしてみましたが、
正常に終了いたしました。（問題なく動作しています）
PC98フォルダ（中のディレクトリ階層も）はすべてコピーしましたか？
/Sオプションで、パスは通ってますか？
上記も問題なければ、ハード的な異常（接点不良など）ではないでしょうか？
NTは9X系よりはるかに厳密にハードウエアをチェックしますから…

詳しい原因はよく分からないですが、手持ちのWINT4.0はsp1の適用済のバージョンで
このせいもありかも知れません。また、使い古したマシーンなので、おっしゃった通りの
接続不良などのハードウェアの異常もあるかもしれません。
　一応、インストールを諦めました。
　いろいろなアドバイス、どうもありがとうございました。

蛇足ですが、
Ｎｒ系は比較的に上下基板や、ＣＰＵユニットの接触が不良になりやすい機種のように思います。
自信があれば、自己責任で分解＆コネクタクリーニングをしてみるといいかもしれません。
あと、ＨＤＤ・メモリを変えてみるのも、ひとつの手かもしれません。