＞Win95を動かすためにDOSを起動させたのですが、内臓のCD-ROMが動いてくれません。
＞Win98の起動ディスクなら読んでくれるのですが。
多分Win95を動かすのに使ったDOSにCD-ROMドライブのドライバが組み込めていない為だと思います。
Win98の起動ディスクからCD-ROMが読めるようなので
その起動ディスクから必要なファイルを転送すればCD-ROMが使えるようになるはずです。
但しその場合MS-DOSはWin98のでないとドライバが使えないかもしれませんが。

後Win98のMS-DOS上からでもWin95をインストールできるはずですよ。