過去ログ検索してみましたが、見つけられなかった・・。
でも、なんとなくWin2000関係でそういう話はしてる記憶があります。
ともかく、お久しぶりです。(^^;
FDISKした際の様子を拝見するに、どうもD:が領域開放されてしまった？ように伺えます。
BAKZ作者さんのサイトも見てみましたが、この手のソフトはあくまでファイル転送に専念するだけであり、HDDの領域を開放したりとかその類の操作・命令には使用・干渉はしないように思います。
なので、原因は何か他の部分にあるのではないかと感じます。
D:が見えなくなったのはBAKZ使用後、再起動後とか、すぐに起こりましたか？
バックアップ先から元に書き戻ししたら見えなくなったとか・・？
ちなみに、USB接続したHDDはE:になったかと思いますが。
ウイルスバスターを常駐させたままというのも、バックアップスピードが多少遅くなるだけで、あまりこの手のトラブルは起こらない筈と思います。
＞このデータを取り出すことだけでもできないものでしょうか？
領域開放した後、特にDドライブへ改変が加えられていない場合は以下の市販ソフトで復旧できます。
http://www.finaldata.ne.jp/standard.htmlとりあえず、以下の試供版でデータを救い出せるかどうかだけは確認できます。
http://www.finaldata.ne.jp/standard.html