技術的なことは過去ログをあさればたくさん出てきます。製品版のWindws98SEがまだ手に入ることがあるようなので、ブートディスクはそれを購入すると添付されています。（アップグレード版ならついていません）
またPCカード経由でインストールする場合、フィールディングにてPCカードサポートソフトウェアを購入し、DOS上でPCカードが使えるようにする必要があります。

＞システムインストールディスクは、現在も入手可能なのでしょうか？
現時点では入手不可ですが、PCクリーンスポットでインストールサービスは受けられるかもしれません(要確認、Windows95になります)
＞ＨＤＤ交換をすることは不可能なのでしょうか。
交換自体は筐体の蓋をはずすとコネクタが見えます。これを丁寧にはずし裏面のネジ(HDDを固定している２本)を外してからゆっくり引っ張り出、交換するHDDをつけて逆の方法で入れるだけです。搭載するHDDの厚さに注意。
で、問題となるのは風 早彦 さん　が言われてるようにOSのインストールです。DOS環境でPCカードを認識する手段が必要となります。PCカードによってはポイントイネーブラを添付しているケースもあります＜機種が思い出せない・・・
＞製品版のWindws98SE
OEMで売られている物は互換機用なので使用不可なので要注意。PC98で使用できる製品版は現在入手難な状況。

CBSCIIに付属の「CBSCII　Ｗｉｎｄｏｗｓ９８／９５再セットアップガイド」
の４ページ「NEC」のところが参考になると思います。
「ポイントイネーブラー」は「CBSCIIサポートソフト」で大丈夫ですね。
現在の状態で「起動DISK」を作成し、これを「システムインストールディスク」の代わりにします。