まず、起動ディスクですが、必要なファイルがFD上から無くなっていると思います。
もう一度、起動ディスクを作り直してみては。

>９８２１ｖ１３用のシステムディスクとバックアップＣＤ-ＲＯＭ
これをNa12に使うのは御法度です。
MS並びにNECとのライセンス違反になります。
Na12にて再インストールするには、Win3.1,95,98の製品版、若しくは、UPG版
を持っていないと出来ないでしょう。

V13のリカバリCD類を使ってのWin98SEのインストールは出来なくも無いでしょうけど、
ここで、その方法を教えることは出来ないので・・・

Ｗｉｎ９８の起動ディスクは、ＨＤＤが認識していないときはmicchiy さんが書いたようなエラーになるので、起動ディスクは問題ないと思います。

起動ディスクを作り直して起動してみましたが
やはり同じで、かころぐを検索しながらいろいろ試していたら
ＱドライブでＣＤＤが認識されました。
でも起動ディスクの入った状態でＢ：のはずのＨＤＤは何処にも居ません
やはりお釈迦と諦めた方がいいのでしょうか？
この状態で使用可能かどうかの確認は無理でしょうか？

まず基本的なところから。
HELPを押しながらリセット又は電源を入れたときに出るメニューで内蔵HDDを使用するになってるんでしょうか？

ｓｈｉさんへ　はい起動ディスクをいれて起動したときに出る
メニューの事ですよね、８のＨＤＤを使用するにしています。

試しにＦＤＩＳＫを掛けてみました。
１のＭＳ−ＤＯＳ領域を作成する、以外２，３，４、
は領域がありませんとか出てくるので１から操作してみました。
５１２Ｍバイト以上のディスク容量があるので大容量を認識出来るようにしますか
みたいなメッセージにＮとしてスタートしました。
４０分位だったでしょうか
終了して領域を最大限に割り当てるとか言うメッセージにＹとして
実行しばらくして終了したようなのでｃｔｒｌ＋ｇｒｐｈ＋ｄｅｌで再起動してＦＯＲＭＡＴしようとしてもコマンドが違います、になってｂ：ｅｎｔｅｒとしても、ドライブが
有りません、見たいなメッセージです。
いじってた途中Ａ：にもＢ：にもドライブが入っているのに
Ａ：に入れようとしているドライブをＢ：に挿入して下さい。
とか、またその逆も有りました。
そのままＥＮＴＥＲを押すとＡ：￥＞であったり
Ｂ：￥＞であったりと言う風に左のはじにでるのですが、ＤＩＲをするとどっちも
ＦＤＤの中身です。ちょっとこんがらがってきました。
ＨＤＤを交換したら直るんですかね

>４０分位だったでしょうか
FDISKの処理に40分ですか・・・
明らかにHDDに不良セクタか何かの処理に時間がかかってるのかな？

>ＦＯＲＭＡＴしようとしてもコマンドが違います
別のFDにFORMAT B:/Sでシステム付きFDを作成して、そのFDにFORMAT.COMだけコピーし
このディスクからFDを起動してFORMATしてみては。

なんか、起動ディスクがおかしくなってる様な気がしますが。

新しいＦＤに９５のＦＯＲＭＡＴと９８のＦＯＲＭＡＴを別々なＦＤに作成して
試してみたんですけど、a:>formatで入れるとパラメーターが足りません、もしくは
MS-DOSバージョンが違います。と出て、a:>format b:/s入れると無効なドライブの指定です。と２枚とも出ます。Ａ：に入れようとしているドライブをＢ：に挿入して下さい。
とか、またその逆も、時たまこのメッセージが出てくるのですが、だたｅｎｔｅｒを押して
b:>になったときformatをしたら起動ディスクがformatされてました。

diskinitは使えないかな？

>ｓｈｉさんへ　はい起動ディスクをいれて起動したときに出る
>メニューの事ですよね、８のＨＤＤを使用するにしています。
違います。別に起動ディスクとかいりません。
互換機でいうところのBIOSメニューに当たるもので、98NOTEメニューというのがあるのですが、その中のディップスイッチ選択のところで、内蔵HDDを”使用する”になっているかどうかを聞きたかったんですけど（汗
表示の仕方は上に書いてます。
98SEの起動ディスクで８番を選択と書いてありますが、それは内蔵CD-ROMの選択のことでは？

HDDが認識されていない状態でしょうか？
まず
＞起動ディスクをいれて起動したときに出るメニュー
ではなく、
＞HELPを押しながらリセット又は電源を入れたときに出るメニュー
があり、その中の「固定ディスクを使用する」になっているのか確認しましょう。

この機種のHDDはパック式なので取り外しは容易にできます。接触が悪くて認識されない場合もあるので、一旦ACアダプタを外してからHDDパックを外して付け直してみてください。Nr15でHDDが行方不明になった場合はこの方法で復帰できました。
＞９８２１ｖ１３
をお持ちならば、HDDパックから取り出し、2.5インチ->3.5インチ変換アダプタで動作を見てみるのも手ですがいかがでしょうか？

最初の画面わかりました。固定ディスク使用になってました。
sw-2-6(固定ディスク）使用する。
念のため出荷時の状態に戻すにしました。
、＞一旦ACアダプタを外してからHDDパックを外して付け直してみてください。
何度かやってみたんですが・・・
時にB：￥が左の端に出せたとき
ＤＩＲをするとボリュームラベルはＭＳＲＡＭＤＲＩＶＥ
ディレクトリーはｂ：￥　ファイルが見つかりません
２，０９１，００８バイトの空きがあります。とでます。

diskinitを使用すると固定ドライブ＃１とでて
認識してるようなんですが初期化しています。
と点滅しているのですが２時間過ぎ４時間が過ぎ
寝てしまいましたが起きたときもまだ終了していなかったため
間違いなくおかしいと思い終了しました。
２，０９１，００８バイトの空きがあります。と
メッセージが出てもアクセス出来なかったり
読み込まなかったりするのでしょうか？

>ＤＩＲをするとボリュームラベルはＭＳＲＡＭＤＲＩＶＥ
>ディレクトリーはｂ：￥　ファイルが見つかりません
>２，０９１，００８バイトの空きがあります。とでます。
どうも、ＢドライブはＦＤＤのＲＡＭドライブのような気がします。
もしかしたら、ＨＤＤはＣドライブとして認識されているかも。
無ければ、起動ディスクにＲＡＭドライブを設定してある記述があれば（config.sysかautoexec.batのどちらかにあると思う）、その項目を”ＲＥＭ”してもう一度再起動した場合、Ｂドライブとして出てくるかも。
（分からなければ、config.sysとautoexec.batの内容を掲示板に載せてもらえるとどの部分か指摘できますけど）

diskinitでも数時間かかって処理しているなら、HDDの死亡では無いでしょうか？
2GBのHDDなら３０分も有れば処理は完了するでしょうし。
あと、HDDの熱暴走によって不安定になることもあるようです。
HDDパックを抜いて熱いかどうか確認してみては。

確かに熱いです。
手のひらには取り出した直後に乗せるのはかなり我慢が必要です。
ｓｈｉさん　これがｃｏｎｆｉｇ．ｓｙｓの内容です。
ローマ数字が使えないためその部分は書き換えてあります。
機種名ぐらいです。
[Menu]
menuitem = CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブを使用しない
menuitem = PC-98GS／PC-9821／Ce／Ap2／An／XaC10W内蔵用
menuitem = PC-CD103／60／60D／60F／170／170N／180／180X／600／800増設用
menuitem = PC-9821Cs2／Xs／Xp／Xn／XaC9W／Ce2／Xt／As3／Ap3／Cb／Xf内蔵用
menuitem = PC-CD60D増設用
menuitem = PC-9821Ct20／V200M7内蔵用
menuitem = PC-9821Rs20／Rv20／Rs2226／Rv226内蔵用
menuitem = 上記ドライバで使用不可の内蔵CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブ用
menuitem = ヘルプファイルを読む
menudefault=CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブを使用しない,30
menucolor=7,0

[CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブを使用しない]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off

[PC-98GS／PC-9821／Ce／Ap2／An／XaC10W内蔵用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDB.SYS /D:CD_101

[PC-CD103／60／60D／60F／170／170N／180／180X／600／800増設用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDB.SYS /D:CD_101

[PC-9821Cs2／Xs／Xp／Xn／XaC9W／Ce2／Xt／As3／Ap3／Cb／Xf内蔵用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDD.SYS /D:CD_101

[PC-CD60D増設用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDD.SYS /D:CD_101

[PC-9821Ct20／V200M7内蔵用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDJ.SYS /D:CD_101

[PC-9821Rs20／Rv20／Rs226／Rv226内蔵用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDK.SYS /D:CD_101

[上記ドライバで使用不可の内蔵CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブ用]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off
DEVICE=NECCDM.SYS /D:CD_101

[ヘルプファイルを読む]
DEVICE=HIMEM.SYS /testmem:off

[COMMON]
files=10
buffers=10
dos=high,umb
devicehigh=ramdrive.sys /E 2048
lastdrive=z


一度に乗せきらなかったので・・・
これがａｕｔｏｅｘｅｃ．ｂａｔの内容です。
@ECHO OFF
set EXPAND=YES
SET DIRCMD=/O:N
set LglDrv=27 * 26 Z 25 Y 24 X 23 W 22 V 21 U 20 T 19 S 18 R 17 Q 16 P 15
set LglDrv=%LglDrv% O 14 N 13 M 12 L 11 K 10 J 9 I 8 H 7 G 6 F 5 E 4 D 3 C 2 B 1 A
cls
call setramd.bat %LglDrv%
set temp=%RAMD%:\nset tmp=%RAMD%:\npath=%RAMD%:;;%CDROM%:\ncopy command.com %RAMD%: > NUL
set comspec=%RAMD%:command.com
copy extract.exe %RAMD%: > NUL
copy readme.txt %RAMD%: > NUL

:ERROR
IF EXIST ebd.cab GOTO EXT
echo Windows 98 起動ディスク 2 を挿入してください。
echo.
pause
GOTO ERROR

:EXT
%RAMD%:extract /y /e /l %RAMD%: ebd.cab > NUL
echo 診断ツールがドライブ %RAMD% に読み込まれました。
echo.

IF "%config%"=="CD-ROM／CD-R／DVD-ROMドライブを使用しない" GOTO QUIT
IF "%config%"=="ヘルプファイルを読む" GOTO HELP
LH %ramd%:MSCDEX.EXE /D:CD_101 /L:%CDROM%
echo.
GOTO QUIT

:HELP
cls
call help.bat
echo コンピュータが再起動され、スタート メニューが表示されます。
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
echo.
restart.com
GOTO QUIT

:QUIT
echo ヘルプを表示するには HELP と入力し、ENTER を押してください。
echo.
rem clean up environment variables
set CDROM=
set LglDrv=

宜しくお願いします。

>確かに熱いです。
>手のひらには取り出した直後に乗せるのはかなり我慢が必要です。
熱暴走しているのが全ての原因のような気がしますが・・・
一応、HDD部分を冷却してみてはどうでしょう？
若しくは、HDDを取り替えてみるとか。

上記Autoexec.bat,config.sysはOS標準添付の起動ディスクの内容ですね。問題ありません。今回のケースでは、上記起動ディスクの表記の問題というよりは、HDDに障害が発生し動作しないあるいは認識されない状況のように思えます。
よって、HDDを新規に交換するほうが良いと思います。

ＨＤＤは近日入手出来る手配が整いました。とりあえず
取り替えて動作を確認してみます。素直にｓｅｔｕｐできれば
良いのですが