ＰＣ−９８０１ＦＡだと、内蔵ドライブはＳＡＳＩもしくはＳＣＳＩのどちらかでしょう。ＮＥＣでは確かにＩＤＥをＳＡＳＩの後位規格として固定ディスク標準インタフェースを採用していますが、元々全く互換性のないＩＤＥとＳＡＳＩなので、ＩＤＥドライブの接続は不可能です。ＳＣＳＩＨＤＤ内蔵型の場合、外付けＳＣＳＩドライブなら接続は可能ですが、最近の大容量のＨＤＤが接続できるかは内蔵しているＳＣＳＩインタフェースに依る可能性が多く、多少の賭けが生じるかもしれません。

FAに通常内蔵できるHDDはSCSIで，いわゆるSCSI籠が必要です．IDE籠は使えないと思います．IDE_HDDを内蔵するにはアイオーのIDE-98とかいうCバスに挿すボードが必要かと思います（FAは正式対応でないかもしれませんが）．

どうでもいいことですが、FA/FS/FXにSASI HDD内蔵モデルは存在しません。
というか、SASI HDDを内蔵できるような構造にはなっていません。
R?/D?シリーズまでは内蔵40MBはSASIですが、Fシリーズの内蔵40MBはSCSIです。
SCSIなので、専用ホストアダプタとしてPC-9801-FA02が同時搭載されていますが
これはかの有名なNECチェックを行うアダプタで、性能・機能の点からも
もはやお話にならない代物です。
SCSIのHDDを外付けでつなぐにしても、これは交換しないといけません。

IDEのHDDを内蔵したかったらIDE-98を使うしかないですが、
電源の引き出しやケーブルの取り回しなどで、それなりの工夫が必要です。

みなさん　本当にありがとうございました。
一寸悲しいですが、これであきらめがつきました。

　どもどもっ☆土野明日香です。
　PC-9801FAにIDE-98をつけて一応動いた、という報告が以前Niftyにあったことを付け加えておきます。
　ただし、「安定して動いた」かどうかは知りませんが。