>長時間使うのでこの点だけが問題です。
ふつう問題にはならない箇所なので「本体」か「HDD」が特殊なのか？と
思ったら記述がありません。情報は小出しにせずきちんと書いたらどうです？

「電源を切る」はセットアップメニュー内の内蔵固定ディスクに関る項目ですよね。
UIDE-98MにHDDを接続した場合、内蔵HDDは「使用しない」とするのがスマートですが、
このあたりの設定はどうなんでしょうか？

ATA-HDDの寿命/発熱が心配というなら、例えばここを見てください。
http://www.storage.ibm.com/hardsoft/diskdrdl/prod/ds75gxp40gv.htm

ここに　Start/stop　(load/unload at 40ー C) 40,000 とあります。
連続で何万時間使えるのかを心配する前に、スタート-ストップのサイクルをカウント
するほうが運用の実態に則したデータになります。
これは例えていうなら、旅客機の離着陸回数と総巡航時間の関係に似てますね。
しかもこのStart/stop項目、SCSI-HDDでは提示されていないことが多いです。
回しっぱなしで運用するのが当たり前なので、SCSIではMTBF(平均故障間隔)が重要な
指標になります。　

のびたさんが書いておられるのは、"電源を切る"というニュアンスからして
おそらくWindowsの電源のプロパティ内の項目だと思います。
あれに関しては、UIDE-98MはHDDのパワーマネジメントに対応していないので
OS側からの制御で回転を止めるのは無理です、としかいえません。
ハードorソフトに何らかの改造をすれば可能かもしれませんが、
少なくとも我々素人が小手先でできるレベルではないと思います。

あと、のびたさんが寿命の点から回転を止めたいと考えているなら、
それは逆効果である場合も多いことは、LOLさんが書いているとおりです。
スピンドル回転開始/停止は、それ自体が寿命に大きく響く動作なので、
ある程度以上頻繁に始動/停止が起こる条件では、連続回転にしてしまったほうが
結果は良くなります。

ＬＯＬさん　ほへさん解答ありがとうございます。
こちらの情報はすべて書くべきでしたね。
私の言いたかったのは、ほへさんの言うとおりでWindowsの電源のプロパティ内の項目の事でした。

ＨＤＤは内蔵で２台つないでおります。メーカー、容量ともまったく同じです。
長時間使っているのは、マスターのドライブのみでスレーブドライブは主にバックアップファイルが有るだけで１日１０時間以上使っても３，４回しかアクセスしません。
よって、マスターが連続回転なのはその方がいいのです。音は気になりません。
ところがスレーブドライブが一緒に回っていると、共鳴するのか音が響き渡ります。
静かな部屋ですのでそれが気になり、スレーブドライブだけでも止められればと思って
投稿した次第です。　　

Adaptecの発売している「EZ-SCSI5.0」といううソフトがあります。
このソフトのユーティリティの一つに「SCSIエクスプローラ」という機能があるのですが、これを使用することでUIDE接続のHDの回転停止を設定することができます。自機にはUIDE-98にIBM DPTAを接続していますが、手動もしくは時間設定の自動で回転停止ができました。
このソフト、よく秋葉の露天やジャンク屋で安く出ているのを見かけますし、Adaptecのリテールパッケージの付属ソフトなのでYAHOOオークションでも出品している方がいらっしゃるのではないでしょうか。

schwantzさん、情報ありがとうございます。
今オークションで検索したら結構ありましたね。入札しようと思います。
使ってみてあとで報告したいと思います。