起動に関してですが 私はFreeBSD(98)しか触ったことが無いので 其れに基づいて書きますが、
基本的にはLinux(98)でも変わらないと思います。
今IDE HDDにWin9xが入ってるようなので "固定ディスク起動メニュー" が入ってると思います。
それを残したまま インストールをすれば 起動時にTABキーを押しっぱなしにする事によって 起動OSを切り替えられると思います。
具体的には、インストーラで領域を切るときに
aで ディスク全体を使用 を押し、
>正しいパーティションエントリを保持して, このドライブには将来的に他の
>オペレーティングシステムを同居させる余地を残しますか?
と聞かれるので YESをを選択してやればよいです。
また FreeBSD(98)4.1R-Rev01以降の場合は、FreeBSDのブートセレクタ(98bs)をインストールすることが出来ますので、この後に聞いてきます。
お好みに応じて選んでください。
もちろんFreeBSDのブートセレクタと言っても MS-DOSやWindwos等も起動できます。
#これは個人的な見解で 開発者の方々には失礼かもしれませんが
98bsは開発されてから日が浅い(今年7月の頭ぐらいから開発開始だったかな?)ので バグがある可能性は否定できないと思います。
よって特に理由が無い限りは NEC製のブートセレクタをお勧めします。
http://www.jp.freebsd.org/http://www.nisoc.or.jp/~karl/freebsd-pc98/のページを参考にしたり、
FTPで
*/dists/???-RELEASE/98readme/Instal98.txt
と言うファイルを取って来て読むのも良いかもしれません。
また 98bsに関しては
*/FreeBSD-PC98/dists/4.1-RELEASE/98readme/Develp98.txt
に説明が載っています。
#修正一回目