とりあえず。
Yamaha724ですが、ゲームポート単一でIRQを使用した記憶はないです。仮に使用してもサウンドコーデック本体と共有かかるので問題ないはず。それよりも、98の場合はレガシーオーディオを読み込まないようにしておくことが重要だと思います。
http://ymf724.ipconfig.net/に色々情報がありますので、参考に。
あと、744ですが、うちで使ったところ、サウンドドライバのインストール終了時点でブラックアウトしました。724のドライバ使って動かしてましたけど。
ちなみに、ためしたのはXwave5000とXwave6000(現Xwave Master)です。