同じマシンを持っていますが、ＳＣＳＩそのものの原因よりも割り込みの問題の方が可能性が高いと思います。割り込みの設定はどうされていますか？割り込みを変える方法としてはＰＣＩセットアップを使って全て自動にするかあいているＩＲＱに割り当てる。もしくはＢＩＯＳフルリセット（確かＥＳＣ＋９＋ＨＥＬＰ同時押しでＯＮでしたっけ？）して強制的に割り込みを自動にしてしまう方法があります。標準のミレは割り込みを使わないのでこれの可能性は低いです。一番あるのはＬＡＮアダプタ（標準）、標準ＩＤＥ（前の使用者が外部Ｉ／Ｆを使ってると可能性が高い）、サウンド（ＩＤＥと同じ理由）、２ｎｄｃｃｕあたりが当たることが多いです。ＢＩＯＳリセットした場合は再セットアップを忘れずに・・・

再セットアップはＢＩＯＳのです。ＯＳは基本的には大丈夫ですので・・・・

Cバスに何かボードが入ってませんか？
それと競合している可能性もありますよ。

PnP非対応なCバスボードが刺さっているということはないでしょうか。
＃あ、でも内蔵IDEからだと起動できるんでしたっけ。
とりあえず、BIOSリセットを試しに行ってみる価値はあると思います。
PCIバスのSCSIボードなら、IRQの共有(ステアリング)で何とかなると
思うので、PCIセットアップディスクで該当PCIスロットの設定が「自動」になってあれば、
IRQの可能性は低いのではないかと思います。
＃アイオーのボードだけならともかく、メルコのボードでもということだと…。

＞両ボード上のSCSI BIOSを使用しないようにすると
＞起動時、ボード認識せず「システムディスクをセットしてください」と
＞メッセージが出てしまいます
これは正常な動作です。BIOSを使用しないと、起動時にシステムが入っている
SCSIのHDDをマシンのBIOSが認識できないのですから当然といえば当然ですね(^^;。

＞(IDEのHDDから起動した場合、WIN95起動後SCSI機器を認識しています)
Windowsは自前のASPIドライバでSCSI機器を認識するためです。
＃それまでのMS-DOSレベルではBIOSで認識していないとダメです。

＞SCSIのHDDから起動したいのですがSC-UPCINとIFC-USP-M2の両SCSIボードのどちらかを
＞刺してSCSI BIOSを使用するとメモリーチック後のボード認識で止まってしまいます。
このときの状況(現象)を、もう少し詳細に書かれたほうが良いかもしれませんね。

　どもどもっ☆土野明日香です。
　そのSCSI-IFに繋がっているHDDはなんですか？
　ひょっとして、PC-9821でブートできないHDDだったりして。

そのような↑SCSIドライブはあり得ませんが。

N2・N4下駄を使用せずにK6-3化して、セカンドキャッシュを差しているとか？
確かN2・N4、アイオーのセカンドキャッシュが使用出来る旨明記されているアクセラレータ以外で、他の下駄やVRMでK6-3化した場合、セカンドキャッシュを差したままでは、SCSIボードを差した場合、メモリチェック後に止まるのでは無かったでしょうか？？

　どもどもっ☆土野明日香です。

>>そのような↑SCSIドライブはあり得ませんが。

　管理領域やブート領域にゴミが入っていて、そのドライブのIPLを読んで暴走することは絶対にあり得ないのですね？
　昨今は、何をトチ狂ったか、暴走時に０トラックに書き込みを行ってしまうディスクシステム搭載のOSも普及しているようですが。

皆さんいろいろご指導ありがとうございます無事、動作しました。

結果的にマザーボード上に刺さっているセカンドキャッシュが邪魔をしていたみたいです。
最終設定はPL-K6III/98+K6-3-400MHz　SC-UPCIN　標準GA
Cバスは無(将来的にはWaveStarを)
マザーボード上のLAN 2CCUを使用可能で無事SCSI HDDからWIN98が起動しました。

これまでの経緯はN3下駄はK6-3-400 K-2-450全滅
(全タイミング設定　マザーボード上のセカンドキャッシュ有無関わらず)

両SCSIボードともSCSI BIOSを使用のままPL-K6III/98+K6-3-400MHzで
セカンドキャッシュは抜いています。
ＢＩＯＳフルリセットして再セットアップ、PCIセットアップディスクで
該当PCIスロットの設定が「自動」になっていることを確認
これですんなりWIN98セットアップができました。

しかし、IDEから起動ならマザーボード上のセカンドキャッシュをつけたまま起動するのに
SCSIボードを挿すとセカンドキャッシュが邪魔をするのかな・・・

＞このときの状況(現象)を、もう少し詳細に書かれたほうが良いかもしれませんね。
まず、Cバスには何も刺さっていない状態でした。

SCSI BIOSを使用するとSC-UPCINはメモリーカウント後にボードを認識する前に止まってしまう
IFC-USP-M2はボードを認識するがSCSI IDチェック後に止まってしまう

SCSI BIOSを使用しないとSC-UPCIN　IFC-USP-M2はSCSI BIOS変更キーは動作するが
「システムディスクをセットしてください」とメッセージがでました。

>そのSCSI-IFに繋がっているHDDはなんですか？
と一行前で訪ねているのだから、ドライブの種類とか形式とかを問題にしているわけですよね。
従って、8. は単なる屁理屈。

>>そのSCSI-IFに繋がっているHDDはなんですか？
>と一行前で訪ねているのだから、ドライブの種類とか形式とかを問題にしているわけですよね。
ちなみにHDDはU-SCSIのIBM DORS-32160U(2.1G)とQuantum(8.4G)ナンバー不明です　

どの段階の問題なのかの見分け方。
メモリチェックの ***** KB OKが消えないうちにハングアップ →セカンドキャッシュ、マザーボード、PnP関係の問題
消えてからハングアップ→SCSI、IDEのディスクインターフェイス関係の問題（一部PnP関係も）

>どの段階の問題なのかの見分け方。
たいへん貴重な情報ですね。
もしかしたら皆さん知っていたのかもしれませんが、いろいろな情報源があればxvライフ(改造)が、楽しめます。何かよいホームページがありましたら教えていただけないでしょうか