マニアックなら、HDD 自体をダンプして、プリンタに出力し、それを手入力で戻す。
値ウのはどうですか。
同じジオメトリをもつものに対してしか使えない方法ですが。

起動ディスク作っといて、その中にXcopyいれといて、ＦＤ立ち上げでそれを実行する。

XCOPYのパラメータは確か「リスキーシェフ」？スペルは…何だったっけ？

ネットワーク経由でコピーする。

GENさんの「起動ディスクで起動した環境」のxcopyでは、長いファイル名が正しくコピーされないのでは？
スーパーマニアックというわけではありませんが、別パーティションのWindowsを起動して、FileVisorやWinFDといったファイラーでコピーするのが、もっとも確実・簡単・迅速な方法だと思っています。
別パーティションのWindows上でやれば、win386.swpをコピー対象から除く必要はありませんし、またこれらのファイラーのコピー機能は、ファイルの並び順・属性を保ちます。

　どもどもっ☆土野明日香です。
　まりもさんのDRVCOPYを使う(^o^)。
　MOにでも分割バックアップしておき、そのまま書き戻せばいいでしょう。
　システムファイルも完璧に戻ります。

パンチカードに打ち出して書き戻す。

みなさん。マニアックですねぇ〜。
パンチカードは凄すぎですよ。これは真似できません。（ゲイツの昔話を思い出した）
起動DISKにXCOPYを入れて自動的にコピーするのはかっこよすぎです。一度やってみます。

HDD同士でシステム領域のコピーをする時は、MOからWindows98を起動してやってます。
これなら、ロングファイルネームとか、WIN386.SWPみたいな、状況によってエラーになるファイルでもそのままコピーできます。
スワップファイル自体はコピーしても意味ないですけどね。

http://www2u.biglobe.ne.jp/~final/homepage/hddworld033.htm
ハードディスク丸ごとコピーなど如何でしょうか？

う-ん　いろいろあるんですね。自分としては、新しいＨＤＤだけを繋いでＦＤＩＳＫ
ＦＯＲＭＡＴする。
念のために、／Ｓ（システム転送）して、これをスレ−ブにして元のシステムの入った
ＨＤＤを繋ぎ、マイコンピュ-タのプロパティを開き、パフォ−マンスタブの仮想メモリを
ＯＦＦにして、再起動のち、エクスプロ―ラで全てを選択で、落としてコピ−。
そのとき上書きが出たら、上書きしてＯＫ。
としてます。面倒だし、分かり難いかも・・・。　　

全然マニアックではないですが、私だったらこの機会を利用して再インストール
してWinをすっきりさせてやります(爆)

　AT互換機だと、やはりブータブルなハードディスクイメージＣＤーＲを作ることでしょうか。

Xcopyについては詳しいことはわからないのですが(^_^;)
MS-DOS付属ならともかくWINDOWS付属なら大丈夫だと思います。
昔１回やったことがあるんで。(^_^;)

それにXcopyはXcopy32.exeというのがあって、Xcopyを使うときに必要だとかどっかに書いてあったんですよね。
たぶん、32は32ビットのことで長いファイル名に対応してくれてる、と勝手に考えてます。
ま、結論でいえば出来ます。

皆さん良く誤解されている様ですが・・・。
XCOPY32.EXEというのはなにかの互換を取る為に存在しているだけで、
同ディレクトリにあるXCOPY.EXEと全く同じものです。
（嘘だと思うならコンペアしてみてください）
LFN対応はWindows起動時に読みこまれるドライバで対応していると思いました。

＞「新HDをセカンダリに接続してWin386.swp以外をまるごとコピーする」
私は現実問題なら「新HDをスレーブ／マスターに接続してWin386.swp以外をまるごとコピーする」
です。
利点１)旧HDがWDのシングル／マスターで設定が異なるものの場合、いちいちジャンパーを繋ぎかえる必要がなくなる。
利点２)新HDのジャンパーを一度セカンダリにして、後でまた戻す必要がない。
利点３)よってジャンパの設定で悩むことがない。（実はいつも悩んでます。(^_^;)）
マニアックというより初心者向けですねえ。(^_^;)

希望も可なら、
起動DISKにドライブの指定を可能にしたXCOPYのバッチを入れて、ついでにsystem.datとconfig.sysとautoexec.batとmsdos.sysとuser.datと*.lnk（これだけでよかったかな)の中のドライブレターも調べて、書き換えてくれるツールを作って入れておくのがいいですねえ。(^_^;)

どうも形勢不利なので、再確認してみました。やはり長いファイル名は失われるようですよ。
機種Xv20、プリインストールWin95に普通に上書きインスト−ルしたWin98SE、そこから普通に作った起動ディスクを使いました。
まず通常のWin98上で、Windowsドライブのルートにある「WINDOWSWinHlp32.BMK」とか「My Documents」とかをTEMPの下にコピーしたあと、起動ディスクで再起動し、windowscommandxcopy32.exeによって別のドライブにコピーしてみました。
通常のWin98を再起動してコピー先を見ると、やはり「WINDOW~1.BMK」とか「MYDOCU~1」になっています。

　かばさんも書かれているように、起動ディスク(FD)にXCOPYではダメです。起動ディスクからの起動では、32bitモードのWindowsではありませんから。またエクスプローラの手動操作によるコピーもまずい場合があります。共有中のファイルにあたるとそこで止めてしまうからです。初心者への説明の点でも、DOS窓もしくは「ファイル名を指定して実行」のコマンドラインによる XCOPY /c/d/e/f/h/i/k/y/r のほうが無難でしょう。
　ところでこれも完璧ではない場合があるのです。例えば "abcdefghijk" および "abcdefghikz"という、似て非なる長い名前のファイルがあった場合、最初に存在したほうのファイルの短い名前が ABCDEF~1 になり、あとから作られた方が"ABCDEF~2" となりますが、コピー先にファイルやフォルダを既に作ってあった場合、どちらのファイルが ~1でどっちが~2になっているかは不定です。このため、コピーしたあとに、長い名前に対応する短い名前が入れ替わってしまう可能性が出てきます。レジストリなどで、短い名前のほうを参照している場合、Windowsやアプリの起動で問題が発生します。よくあるのは、"Microsoft xxxxxx"といったようなフォルダ名です。フォルダはあとから作ることがよくありますから。既にファイルがあるところへWindows(Win32)からコピーする場合は、こうしたことが起こりうることに注意する必要があります。

私の場合は、XCOPYでＯＫでしたよ。
但し、windows95・98上でコピーして下さい。win上のdosプロンプトでコピーしないと長いファイル名がコピーできません（DOS上ではファイル名が変更されます）。コマンドは「xcopy_a:(コピー元のドライブ)_b:(コピー先のドライブ)_/c_/e_/h_/r_/s」でＯＫです。コピーが終了したら、HDDをMasterにセットしなおしてFdiskをします。状態の変更でboot可になっているか確認して起動します。問題なく起動したら、一度レジストリチェックをした方がいいでしょう。winを終了するときに、MS-DOSで再起動してdos窓になったら、scanreg_/fixを起動するとレジストリのチェックが始まります。以上です。お試しあれ♪

＞JUMPさん
おっしゃるとおりです。
ですから重要なのは、xcopyを使うかどうかなのではなく、Windowsが起動したあとのdos窓で行うか、起動ディスクで起動しただけの状態（msdosモード）で行うかの問題です。

それから、まりもさんのおっしゃるように、エクスプローラでは共有中ファイルのところでエラーになってコピー処理が終了してしまいますが、FileVisorでは一時停止するだけで処理を継続できます。
最初に書いたように、このFileVisorによるコピーではファイルの属性や並び順が保存されます。実用上はファイルの並び順などどうでもよいのですが、このようなところが気になる人のための「マニアックな方法」と言えるかもしれません。

なおついでに書きますと、msdosモード上で（というか、本物のDOS6上でも）動作するコピーツールで、長いファイル名を保存するというものもあります。たとえばvftoolsという一連のフリーソフト中にあるvfxcopyがそれです。しかしファイルのコピーが16ビットモードで行われるため、dos窓でのxcopyなどに比べて多大な時間を要します。

＞実用上はファイルの並び順などどうでもよいのですが
これが結構重要でして、例えばアルファベット順序に並んでいない場合、エクスプローラだとアルファベット順にコピーしようとして、既に書いたような、長短名前の不一致が起こる場合があります。元の並び順が保証されるコピーツールのほうが安全です。

みなさんありがとうございます。XCOPYを試して見ます。しかし、HDがない…
バラクーダATA買おうかな？

簡単にやろうと思っても、結構難しいんですねえ。
winを起動してからといわれてもwinが起動できなくなると使えないわけだし。
せっかくマルチブートできるんですから、素直に複数のドライブに窓をインストールしておくのがよさそうですね。（一方はバックアップおよび書き戻し専用のミニマム構成にするとか)