何度やってもダメですか？
DOSのシステム転送は、どのようにやりましたか？
第１領域の方からは起動できるのですか？

第２領域からboot可にしてありますか？

Win9XなどならFDISKで２、状態の変更＞第２領域をBOOT可に変更

です。

MS-DOS6.2などはformat.exeで起動して状態変更で起動可にすれば
いいはずです

使用OSは、MS-DOS6.2です。状態変更で第２領域をBOOT可にはしてあるのですが、
だめです。あと、第１領域からは問題なく起動できます。

　どもどもっ☆土野明日香です。
　NEC純正のPC-9801-92ボードにはそういう制限があります。IFN-98Sも、その制限部分まで互換性を取ってあるのかも知れません（苦笑）。
　PC-9801-92ボードが出た頃は、NEC純正HDDは2GB当たりが最大容量でしたから、それ以上の容量のドライブが繋がれることを考えていないというのは、大いにあり得る話です。

MS-DOS 6.20 のタイムスタンプは？ 94-12-28だと古いので、2GB以上で起動できないとかあるかも。

format.exeの中では領域確保・状態変更（起動可）だけをやって、システム転送はsysコマンドでやったようですね。そのときエラーは出ませんでしたか？　試しに一度領域を削除して、format.exeの中でシステム転送付きの領域確保でやり直してみてください。
それでもダメなら、土野明日香 さん　のおっしゃるように、SCSI-IFの問題である可能性が高くなります。私のところにあるPC-9821A-E10では、領域先頭がHDD全体の先頭から1GB以上離れている場合、その領域からはどんなOSも起動できません。
まりもさんのコメントですが、MS-DOS6.20に94-12-08より新しいタイムスタンプのものがあるのですか？　私のところの94-12-08では、9GBのHDDの第７領域（先頭位置7GB）から問題なく起動しています。SCSI-IFはSC-UPCIを使っています。

第２領域にDOS以外のOS（Win98など）をインストールしてみれば、問題の所在がもう少しはっきりするでしょう。

どうやらIFN-92Sが犯人だという気がしてきました。
HDPARA.EXEという添付のハードディスクパラメータ解析プログラムが
あるのですが、それを走らせると、「０で除算しました」とでて、
うまく行きません。同様に、GRPH+SHIFT+Pで自動解析させると
ひたすら解析中になり終了しません。
というわけで、IFN-92SのBIOSをアップグレードする方法ってありますか。
これでだめだったら、新しいSCSI-IFを買うしかないですね。
メルコだからIFC-NNが最適でしょうね。

＞かばさん
FORMAT.EXE,HDFORMAT.EXEが変更になっています(Ver 6.3)。古いバージョンのを使ってフォーマットすると、当時想定されていない大容量の際に問題があるように思いました。

あ、思い出しました。
「16MB以上を積んだ9801-BX2でFD→FDのコピーをすると固まる」という現象を解消するために、アップデートプログラムをダウンロードしたことがありました。
一部のファイルのタイムスタンプが、95/11/02になっていますね。format.exeでも、このバージョンで自動起動の設定がf.1キーになったような気がします。
上に書いた「起動する例」では、ＨＤ全体の領域分けはWin98のfdiskでやっていますから、94/12/08のdosのみでやった場合は、もしかしたら違うかもしれません。

問題あり版 MS-DOS 6.2のFORMAT.EXEですが、IPLや起動メニューに問題があるとなると、一度これをつかってフォーマットしてあると、いくら領域開放して（別のフォーマッタで）再度領域確保しても問題が残りますね...。WIndows9xを持っていれば一度DISKINITかければすっきりします。もっとも、SCSI のBIOSの問題との切り分けはむずかしいですね。