ATのは使えますが、マスター／スレーブの接続は出来ないので、コネクタは１口のものでも構いません。

せっかく私の持ってるＢＸ３ネタなのに、まりもさん早すぎッス。(T_T;)
ゴミです。すいません。
でも悔しいので、意地で追加アドバイスを。
・・・コネクタは両端に１個づつ付いたものでかまいませんが、価格差も大した差はないので、将来パソコンを買い換えたときに、流用できるようにコネクタは３つのものをおすすめします。
というのは通常マザーボードなどにはＩＤＥケーブルが１本しか付いていないので、買い足す場合が多いです。
でもこれからはATA66の時代なので、今までの40Pのものは使わなくなる可能性もあります。

BX3などのマシンでマスター/スレーブ動作をさせるソフトが確かベクターにあったような。
探してみるといいかもしれません（もしお使いになるようでしたら）。それからBX3の仕様
により、たしか540Mbyte以上のHDは使用できなかったような気もします。これも確か回避
するソフトがどこかにあると思います。もし将来HDを大容量のものに載せかえるようで
したら、頭の片隅に置いておかれるとよろしいかもしれません。
ゴミでした。

>それからBX3の仕様により、たしか540Mbyte以上のHDは使用できなかった
>ような気もします。

BX3/BA3は540MBの壁はありません。

ＩＤＥのコネクターは、誤接続防止の方式が２通りあるので、ご注意ください。
１．ケーブルのコネクターの横に、逆向き挿入防止の突起が出ている。それに合わせて、マザー側コネクターは突起を受ける切り欠きがある。
２．マザー側コネクターは４０個あるピンのうち、１個だけピンが無い。それに合わせて、ケーブル側コネクターの４０個の穴のうち、１個は穴がふさいである。
マザーボード側のコネクターが１の方式の時には、２の方式の穴が塞いであるコネクターは使えません。
９８でも、たとえばＢＸ４のマザーは穴塞ぎで、Ｘａ７のマザーは突起です。
ＨＤＤのコネクターは、どちらのケーブルもつながるようになっているのですが…
なお、ＵＩＤＥ−９８とＩＦＣ−ＵＳＰ−Ｍは、突起の方式ですから穴が塞いであるコネクターは使用できません。

　まだＢＸ３を使っておられる方がいて嬉しいです。このマシンには５０万ほどかけてパワーアップしました。
　さてＣＤ−ＲＯＭですが、ＢＸ３のファイルベイ行きのＩＤＥコネクタはファイルベイのすぐ後ろにあるので、僕は３端子のケーブルを買い、ケーブルの長いほうを切り落として短くして使っていました。コネクタのタイプは突起逆ざし防止のタイプです。なお、ＨＤについては４．３ＧＢまでＯＫです。（Ｅ−ＩＤＥ対応製品が使えます。）最近買ったＸａ１３についてきたＸａ１６内臓ＨＤ（購入したＸａ１３／Ｋ１２のＨＤに不良セクタがたくさんあったのでその説明をしなかったとして売り物のＸａ１６／Ｋのものを入れかえてもらいました。ＦＤも異音がするので好意で入れ替えてもらいました。その後、４８Ｋの値札の貼ってあったＸａ１６はジャンク売り場へ行きました（笑）ありがとうソ○マップ７号店）のＷＤ１．２ＧＢが動いています。

　みなさん、たくさんのレスありがとうございます。非常に参考になり、心強い限りです。
　手元にはPC-98は何台かあるのですが、ATをメインに据えてから、ほとんど利用することがなくなってしまって...、しかし、ネットでこちらなどのページを拝見し、メラメラと再びいじり倒したくなって参った次第です。

　まりもさん、yoshi.さんの発言を読ませていただいて、さらに疑問というか不安が膨らんでしまったので、さらに質問をさせてください。
　「マスター・スレーブの接続ができない」という趣旨の記述がありましたが、これはどういう意味なのでしょうか。というのも、私が描いていたイメージでは、「マザーから出ているIDE端子に、IDEデバイス用に口が二つついているケーブルをマザーボードに指し、HDDとATAPI CD-ROMをつなぐ、という感じなのですが、ひょっとしてこれは、できない？！それとも概念的にはこれでよくて、ただ、IDEの規格上のマスター／スレーブの指定ができない、という意味なのでしょうか？
　前者だと、HDとCDの共存はどうやって行うのかが...まさか、CD-ROMに専用のI/Fカードか何かを載せねばならないのでしょうか？

　それと...これは、つながってからのことなのですが、接続後はとりあえずDOSで利用したいのですがNECのATAPI CD-ROM用ドライバって、MS-DOS6.2に同梱されている以外のものはないのですか？フリーウェアなどでの存在をご存知の方があれば教えてください。

　よろしくお願いいたします。

BX3/BA3のIDEポートはプライマリ・セカンダリの2ポート有りそれぞれが
1台のみ接続という事なので、プライマリにHDD、セカンダリにCD-ROMを接続
すれば良いです。
＃2台接続したときでももしかしたらスレーブ接続した機器がWin上のみで
＃認識出来るかもしれませんが

　Xner-Eさん、ありがとうございます。
　「プライマリ・セカンダリの2ポート有り」ということで、「どこにー？」と探してみましたが、フェイントでした。先の、こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳさんの「ＢＸ３のファイルベイ行きのＩＤＥコネクタはファイルベイのすぐ後ろにあるので」に「ん？」と思い、よく調べてみたところ、謎が解けた次第です。
　私のBX3は人から譲り受けたもので、出荷時の状態はどうなっていたのかわかりませんが、内蔵HDDが正面から見て拡張スロット右側（つまりファイルスロット左上）のIDEコネクタに入っておりまして、「IDEはここから『のみ』取るもの」と、先入観を抱いていたのが勘違いのもとでした。拡張スロットの左側にもIDEコネクタがあるのですね。ふうぅー。

　みなさん、いろいろとお世話になりました。
　実はBX3はもう一台、手に入ることになっているので、こちらもいじり倒してみようと思います。
　ありがとうございました。