誤差＋使用容量の増加による速度低下＋ケーブルの位置の変化によるノイズの影響、とか

　どもどもっ☆土野明日香です。
　PCIバス増設をしている面々から詳細なRESが付くと思いますから簡単に。
　PCIは規格上はチップセットからパラレルで配線すべきことになっています。しかし、実際はそれでは実装が大変ですから、ディージーチェーンしているのが現状のようです。つまり後ろのスロットに行くほどPCIチップセットからの配線は長くなります。ノイズが載りやすくなることもあるかも知れません。
　それと、前述とも関係しますがPCIの場合、コンフィグレーションではスロット番号による有利不利（優先度）はあり得ます。

　理由は明らかになってはいませんが、初代Xaで特定のPCIスロットにPC-9821X-B02/Lを刺すとエラーが出る件で、NECの公式回答として「別のPCIスロットに刺すように」という見解も出ています。
　以上、ご参考まで。

>PCIは規格上はチップセットからパラレルで配線すべきことになっています。
PCIの規格にこのような記述は無いと思いますが如何でしょうか。PCIの規定では伝搬遅延時間等のタイミング仕様のみが規定されており、この仕様を満たす限りにおいては実装方法はどの様にしても良かったと思います。またPCIでは反射を上手に利用したバス設計となっているため、離れたところにあるデバイスほど早く信号が到達するという事になります。逆に言うと、反射を積極的に利用しているため、下手なバス設計をするとスロットによっては動かないまでもかなりデバイスのえり好み（いわゆる相性）が生じる可能性は高いと思います。特に昔の設計のPCではこの傾向は高いのでは無いでしょうか。