SONY製がよろしいです。理由は標準採用されているCDROMドライブ
のメーカがSONYだから。
あと「内蔵」であって「内臓」ではありません。

相性は特に問題ないとは思いますが、Sony のはよく壊れるとのもっぱらの評判ですね。

NECのドライブには要注意です。DOS/Vショップで売っている、ごく一部のバルクのNEC製CD-ROMの中には、取り付けただけでマシンがまったく起動しなくなるものがあるのです。ミツミのドライブを付けたときと同じ症状です。
個人的には松下がおすすめです。松下も標準でPC-9821シリーズに採用されているメーカーのひとつで、しかもうちでは今までに相性の問題が出たことがありません。
あと、SONYはあまり高速なドライブを作っていないのか、秋葉では最高24倍速までしか見たことがありません。まあ、内蔵してオンボードのIDEポートを使うなら、24倍で十分だとは思いますが。

私は９８２１ｃｘ２を使ってましたが、ＴＥＡＣ、ＮＥＣ、ＮＡＴＩＯＮＡＬのＰＤ−ＲＯＭ
などなどＩＤＥ接続で使ってきました。ＷＩＮ９５、９８でならＰＤＲＯＭも使えます。
ＣＤ−Ｒは使えなかったと思います。

　どもどもっ☆土野明日香です。
　市販のバルクCD-ROMドライブは出荷時設定でスレーブになっているものがあります。
　これをPC-9821のセカンダリにそのまま付けた場合、マシンが立ち上がらなくなるので気を付けましょう。
　対策としては簡単で、マシンに取り付ける前に、DIP-SWを確認するだけです。

ＴＥＡＣに１票！あと、東芝はＨＤのＳＣＳＩ化の際に障害となりますので避けましょう。（Ｉ．ＯのＣＤＶ−ＡＢシリーズ等、プライマリ・マスタにＨＤがないと認識しません）