まずは、PC-9800シリーズ/PC-9821シリーズ対応のOSを持っていますか。
OSのインストールCDとPC-9800シリーズ用のOSインストール用起動FDメディア、光学ドライブ類を認識させるためのドライバ類が無いと
仮にハードウェアを搭載出来たとしても何も出来ません。

この点は大前提となるので、必要なものを一通り持っているということが前提となります。
※初心者とのことですが、この時点で何を言っているのか分からないというのであれば残念ですが諦めた方がよいかもしれません。
　ここは上級者向けの98マニアックス掲示板なので、最低限の前提条件に当たる部分は解説しない方向で書きます。

シリアルATAに関しては、シリコンイメージ製のコントローラを搭載したPCIボードに限っては
PC-9821シリーズ用のBIOSデータを非公式に開発されている方がいらっしゃいますので
そちらのBIOSデータに書き換えることで一応使用可能になります。
この場合には、2TBまでのHDDが使用可能になります。

ただしデバイスドライバ側の制約で、正式対応のはずのWindows 2000でもインストール時にトラブルが出る場合があるようです。
またWindows 98/98 Second Editionでもデバイスドライバが使えてしまう場合もあるようですが、使える保証はありません。

ブルーレイドライブに関しては、上記のシリアルATAが使える状態にした上で、そちらにつなぐことになります。
ただしWindows 2000でもそのままではOS側がブルーレイディスクのフォーマットを読み込めないようなので
Windows 2000用のドライバが付属している製品を探してきて、そのドライバを適用する必要があるようです。
またWindows 2000より前のOSにはそういうドライバも無いようです。
※ブルーレイは本来はWindows Vista以降が前提になっているようなので、これは仕方がありません。

仮にブルーレイディスクを読み込めるようになっても、スペック的に動画の再生等はどんなに強化しても不可能ですので
ブルーレイドライブの搭載は、完全に無駄な投資になる前提で、自己満足のためにやることになります。

それ以外の改造となると、オンボードの端子ではHDDはおよそ4GBまでしか認識出来ません。
より容量の大きなものを接続したい場合は、前述のシリアルATAを使う方法か
一部のPCIバス用SCSIカードおよび特定の条件を満たすCバス用SCSIカードを使うしかありません。
SCSI接続の場合は32GBまでは確実ですが、それ以上はいろいろと制限があるのでお勧めしません。

メモリは32MBのものを4枚の128MBまでしか実装出来ません。
CPUはメルコやアイオーデータのアクセラレータでPC-9821シリーズ用の対策がされているものしか使えません。

特に高性能のCPUアクセラレータを使う場合は、消費電力の問題で電源ユニットの交換が必要になってきますが
マザーボードへのコネクタが専用仕様なので交換は難しいです。

質問の答えです
ＯＳは既存のwindows3.1(NEC製)
ＮＥＣアップグレードwindoes95とwindoes98を持っています。
シリコンイメージ製のコントローラを搭載したPCIボードてありますが
具体的にどこのメーカーお勧めでしょうか？
返答をよろしくお願いします。

大熊猫のぺぇじを見に行けばいいんでないかい