IFC-PCI5U2Vの基板上のICの型番が、μPD720100AGM(NEC)、VT6212(VIA)、VT6202(VIA)
のいずれかであれば、たぶん正常動作します。複数のPC-9821で確認済みです。これ以
外でしたら、動作しない確率が高いです。IFC-PCI5U2VはPC/AT機向けの製品ですので、
少なくともPC-9821に公式対応はしていません。対応していないUSB機器、インターフェ
イスはハングアップや、強制リセットなど種々の現象が起こります。ご健闘を祈りま
す。

返答ありがとうございます。早速、ICの型番をチェックしてみます。

USBボードの型番にＶがありますので恐らくVIAチップであり、V13では正常動作しないと思います。

V13/S*Rといえば、ロットによって山猫かTrion430FXのいずれかのチップセットが搭載されていたかと思いますが、
この頃のPC-98はVIAチップのUSBボードが動作しなかったり不安定なことで知られています。

うちでもG8TTY型番のマザー(430FX)のV13で同じような症状でした。
いわゆる相性すなわちハードウエアの問題ですから、OSを変えても同じだと思います。

試しにUSBボードをNECチップの製品に変えてみてください。
Buffaloの製品であればVの代わりにNの型番を持つのがパターンです。

なおPC-98でもRaなどの新しい機種であれば、VIAチップのUSB2.0も動くようです。

参考までに、うちのV13で動かなかった（が、Raでは動いた）USBボードはVT6214Lのチップでした。
ただしSATAとのマルチファンクションボードですが。

訂正です。
× G8TTY
○ G8VER
G8TTYは山猫で、430FXのほうはG8VERです。失礼しました。

CPUのパワー不足が一因ではないでしょうか。私のところの元々PentiumやMMX Pentiumが載っていたPC-9821は、CPUをK6-III-400に換えても、Windows98SEではUSB拡張ボードに挿したWindows98SE対応のUSBメモリ（バッファロー、アイオーデータ、アドテック？製）は何度試してもハングアップしました。

私の経験では、ｋ６の350-450には、USB　が、殆ど、まともに動かない
と言うバグが、あったと記憶しています。
私は、チップセットの問題かと、認識していたのですが、某周辺機器メーカーの
取説に、Ｋ６では、動作しない書いてあったのを、最近見つけて、納得しました。
当時、会社支給の、ＰＣに、バックア用に買わせた、MO が、殆ど動いてくれないと、事務員からの苦情に頭を抱えていました。　会社を辞めた跡で、判明しても・・ねえ。

皆様、回答ありがとうございます。
ラトックシステムのUSB2.0PCIボード「REX-PCIU3」（チップはNEC製μPD720101）
に付け替えたところ、正常動作いたしました。