以前にLAN ManagerやWin95、Win2KでLANを構築したことがあるので、不確かな記憶ですが助言させてください。
もう解決済みなら余計なおせっかいですみません。

逆順ですが質問2に対して
PC-98(DOS6.2)ということですが、このモデルだとWin95とかは使えないのでしょうか。
もし使えるなら、Win95の方が制限が少なくて簡単だと思います。
だいぶ前に、FD起動でWin2KServerに接続して、ターミナルサーバを使ったことがあります。ローカルHDDが無くても起動できるので、EPSONノートとかでHDDまるごとリカバリーするのに重宝しました。
この場合は、リアルモードで使えたのがNETBEUIだけだったので、NETBEUIを使って、
サーバ上のWin95環境を読み込み起動させます。32bitモードでは、マルチプロトコルで
TCP/IPとかも使えたような気がします。
HDDなしで使いたいという趣味的な話では無いと思うので、現状の標準ならTCP/IPが良いのではないでしょうか。
NETBEUIの方がメモリを消費しなかったかもしれませんが、あえて選択する必要は無いと思います。

>QuickBasicでMS-DOS6.2上でしか起動しません。
Win95のDOS7だめでしょうかね。QuickBasicならMSさんとしては、Win95上でも動くようにしてなかったのでしょうか。

質問1のNETBEUIの確認は、私もだいたいこの方法です。
TCP/IPでの話になりますが、net view \192.168.1.1とか打ち込まれたのでしょうか。
LAN ManagerでIPアドレスでの指定ができたか記憶にありませんが、うまくいかないようなら、LMHOSTSにWin2Kのホスト名とアドレスを記入した方が確実だと思います。
どこで設定したか忘れましたが、ブロードキャストでは名前解決できないのが規定値になっていたかもしれません。

手元に構築環境があれば確認してあげたいのですが、PCを発掘するような作業になるのでちょっと今は難しいです。

>Xpを中心に20台近くのPCがLANに繋がっています。
RSTさんが管理者で、自由に設定できるようなお立場なのでしょうか。
他の管理者がいらっしゃるなら何らかのセキュリティ制限というようなことは無いでしょうか。

EP486さん。　レスありがとうございます。

>TCP/IPでの話になりますが、net view \192.168.1.1とか打ち込まれたのでしょうか。
>LAN ManagerでIPアドレスでの指定ができたか記憶にありませんが、うまくいかない>ようなら、LMHOSTSにWin2Kのホスト名とアドレスを記入した方が確実だと思います。

この項目は、早速確認してみたいと思います。
その他に頂いたアドバイスも、対応できる項目から順に確認して行きます。
結果が出れば、upします。

御確認のあった件についてですが、

>PC-98(DOS6.2)ということですが、このモデルだとWin95とかは使えないのでしょうか。
>Win95のDOS7だめでしょうかね。QuickBasicならMSさんとしては、Win95上でも動くようにしてなかったのでしょうか。
→装置のコントローラとして使用しているので、聞けば、以前、OSを変更した際、
プログラムが使用できなかったそうだったので、変更は無理の様です。

>RSTさんが管理者で、自由に設定できるようなお立場なのでしょうか。
→前に管理されていた方が昨夏いなくなってから、管理者は特に居ません。
前任の方が、何らかのセキュリティ制限しているというようなことは無いと
思うのですが、何を確認すれば良いかが判りません。

LAN ManagerクライアントのPC-486AUを発掘してきました。
DOS6.2で使っていたようで、NETBEUIのみのセットアップでした。
Win2K環境があったので、接続してみたところ、
ドメインには認識されませんでした．・・・・
と表示されましたが、共有資源は見ることができました。ドライブの割付も可能でした。
メッセージについての説明は、ワークグループなら無視して良いものですし、
どなたかのホームページでLAN Managerの紹介でも説明されていると思います。
気になったのは、SP4への接続ですが、私自身は、今回が初めてだったかもしれません。
この環境は、セキュリティ設定がデフォルトのままだったような気がします。
デフォルトのままなら、そのままで接続できるかもしれません。
もしかすると、LM 認証が無効にされているとかありませんかね？
OSが更新されるごとに、認証方法が厳しくなっていき、
LAN Managerは、古い認証方法なので、セキュリティ強化のため、以前の管理者が
LM認証を無効にしているとか。
ドメインコントローラがあるようなネットワークならその上で制限されているかもしれません。
この点も確認してみたらいかがでしょう。
TCP/IP環境を薦めておきながら、NETBEUIしか確認できなくて申し訳ありません。
因みの、こちらの環境はLAN Managerは、v2.0でした。
たぶんNT4.0Serverに添付されていたものだと思います。
たまたま、連休で気になったので試してみました。

＞セキュリティ
Windows XPの場合、ファイヤーウォール機能の存在があることと
共有の認証強化が行われていたと思います。

ファイヤーウォールは、アンチウィルスソフトなどにも付属していますが
いずれの場合も接続を許可するように設定するか
ファイヤーウォール機能そのものを無効にするかしないと
ほかのコンピュータから接続できない可能性があります。

共有の認証強化のほうは、Windows XPがワークグループで動作しているのか
ドメインネットワークに参加しているのかで変わります。

ワークグループで動作している場合、標準の設定では
Windows 98などとほぼ同じネットワーク共有が行えるように設定されているのですが(簡易ファイルの共有機能)
セキュリティ上の問題となりやすいために、以前の管理者によって無効にされている可能性があります。

一方、ドメインネットワークに参加している場合は
上記の設定が行えないようになっているとのことです。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/788sfshare/sfshare.html

まずは接続先のXPマシンが、ワークグループで動作しているのか
ドメインネットワークに参加しているを確認してください。
判別方法は下記のページに載っています。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/256nettype/nettype.html

次に、共有設定とファイヤーウォール機能の設定を確認してください。
うまくいかないようであれば、接続実験を行う間だけ
一時的にファイヤーウォール機能を無効にして試してみるとよいかもしれません。

それと、Windows XPでは純粋なNetBEUIプロトコルが標準で無効になっています。

パッケージ版のWindows XPのディスクがあればインストールは可能ですが
メーカー製PCに付属のOEM用ディスクには必要なソフトが入っておらず
またインターネット上でも配布されていないので、この点にも注意が必要です。

http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb%3bja%3b880449
http://support.microsoft.com/kb/311246/ja

EP486 さん。
検証して頂いて、ありがとうございました。

最初に頂いた、LMHOSTSにW2Kを記載しても、
ドメインには認識されませんでした。やリスト内にエントリが存在しません。
と表示され、困っていましたが、EP486 さんの検証結果を励みに、
A：NET VIEW \W2KPC名　と入力すると、共有資源を見ることができました。
その後、LAN Manager　の設定を行い、無事にW2KとDOS6.2が接続できました。

W2Kのセキュリティ設定は、デフォルトでしたので、無事に接続できたのかな？！
と思います。

アドバイスありがとうございました。

tsh さん。
セキュリティのアドバイス、ありがとうございました。
予想通り？、PC-98が接続できたら、即、Windows XPとも接続したい。
という話になりました。
tsh さんからセキュリティや共有に関してレクチャーして頂いてましたので助かりました。
教えて頂いた方法でXPを調べた結果、ワークグループで動作していましたので、
XPにも無事に接続できました。

アドバイスありがとうございました。

接続できて何よりです。
すでに、目的は果たしたようなので、あえて必要ないかもしれませんが、
>ドメインには認識されませんでした。
W2Kより前のOSは、XpやW2Kのようにドメインコントローラに自動で登録されません。
Active Directory上で、手動でPCを登録する必要があります。
ドメインで一元管理したいようなら試してみると良いかと思います。