少なくとも私は40GBのHDDをRa40のオンボードIDEに繋いでIPL版EXIDEで起動できています。
質問の内容がいまいち要領をえないのですが、
・PC内部に物理的な設置場所が無い
・EXIDEに関係なく一般的な質問として、起動ドライブの設定方法がわからない
あたりでしょうか?
少なくともUIDEやUSB接続ではEXIDEは関係ないと思いますが。

物理的な設置場所については、
2ndFDDスロットに適当な板をネジ止めして使うのが一般的だったと思います。
Ra40/43正式対応の2ndHDD金具は
V2桁など用の2ndHDD金具を流用してRa40/43に合うネジ穴を空けなおしたものが売られていました。
RaII23〜Ra333用の2ndHDD金具はRa40/43ではCPUファンが干渉して使えないので
2ndHDDスロットではなく2ndFDDスロットに設置する仕様でした。

このほか、ちょっと危険ですがFELLOW/MATE-B/初代XあたりのHDD金具も、
ちょうどPCIスロットの手前（スピーカーの裏あたり）に収まる大きさなので
ネジ止めはできませんがガムテープ固定などで使えるかもしれません。
http://www.h3.dion.ne.jp/~midoriya/user/kazzez/junks/ra40hd.jpg
ただしスぺーサーで金具をマザーから少し浮かせておかないと
フロント基盤のフィルムケーブルがつぶれて折れたりジャンパピンをショートしたりで
いろいろ危険です。

一般的な起動ドライブの設定方法については、
FDISKやFORMAT/Hなどにおいて起動可能なドライブにするという設定がありますが、それとは別に
複数のHDDを繋いでいるときにTABキーを押しながら起動すると出るHDD起動メニューに
自動起動の設定というのがあります（F1で設定/解除）。
この設定を解除していないと他のHDDからは起動できません。

そのほか、メモリスイッチにも起動装置の設定がありますから
その設定が壊れている可能性もあります
HELPを押しながら起動すると出るセットアップメニューで
いったんメモリスイッチを初期化したほうが無難かもしれません。

また、当然ながらHDDがPC-98HDD形式のフォーマットでないと起動できませんので
AT互換機のフォーマットだったりリムーバブルメディア専用のフォーマットだった場合は
Win98か95OSR2のDOSモードでフォーマットしなおして下さい。
フォーマットできていてもブートセクタがPC-98用でないままの可能性もあります。
その場合はWin98(95不可)のFDISKを使ってFDISK /MBRを試してみて下さい。

KAZZEZ さん 回答ありがとうございます。
EXIDE32G を実行させるとハードディスクに対して設定を書き込むのではなく
９８本体のＤｉｓｋＢｉｏｓを書き換えるのですか？

単刀直入に聞きますが、付属のテキストはちゃんと読んだ上での質問でしょうか？
EXIDE32GはいわゆるBIOS騙しツールである(≠BIOS書き換え)ので、
起動毎に実行されるようになっていなければなりません。
ゆえにKAZZEZさんがおっしゃっているように起動HDDの98フォーマットをし、
IPLエリアに登録しなければならないのです。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98maniacs/20488.html
上記過去ログを参考にしつつインストールしてみてください。

>EXIDE32G を実行させるとハードディスクに対して設定を書き込むのではなく
>９８本体のＤｉｓｋＢｉｏｓを書き換えるのですか？
書き込まれるのは設定ではなくソフトウエアそのものです。
(EXIDE32G.EXEはインストーラのようなものです)
ソフトそのものはOS起動前のIPLの段階(HDD起動メニューの出るあたり)で実行されます。
また、起動時に最初に読み込まれるHDDに(デフォルトでは)書き込まれます。
つまり必ずしも該当の大容量HDDに書き込まれるとは限りません。

4.3GB超に対応したPC-98では、
8.4GBを超えるHDDを8.4GBとして認識する仕様があります。
EXIDE32Gは、起動時にいったんPCが8.4GBとして認識したHDDに対して
その認識された設定を本来の容量に認識させなおすソフトウエアですので
言わばBIOSというよりドライバのような印象です。
HDDからOSが起動する前に実行しておかないと意味が無いので、
HDDのIPLに寄生するソフトウエアという形式になっているのだと思います。

なぜそのような質問になったのかは分かりませんが、
もしかして該当機種ではなく、別の機種で設定をして
そのHDDをRa43に移植しようとしているのでしょうか?
だとすれば40GBのHDDを1台だけ繋いだ状態であれば、そのHDDに対して書き込まれます。
他のPCに移植するにしてもそのHDDを1台目として使う分にはEXIDEは読み込まれるでしょう。
しかしEXIDE32Gは対象機種が限られます(4.3GB制限の機種には使えない)のでご注意を。

はｄｓｎ さん　KAZZEZ さん　回答ありがとうございます。

4.3GB超に対応したPC-98では、
8.4GBを超えるHDDを8.4GBとして認識する仕様があります。

**知りませんでした。
８．４ＧＢ超のＨＤＤは全く読めないと思っていました。

もしかして該当機種ではなく、別の機種で設定をして
そのHDDをRa43に移植しようとしているのでしょうか?

**仰る通りです。

付属のテキストはちゃんと読んだ上での質問でしょうか？

**読みながら疑問を感じてこのサイトへ書き込みました。

説明をよく読んでから
教えていただいた過去ログを参考にインストールしたいと思います。

教えていただいた情報を元に40GB-HDDで32GB指定を選択してパーティションを分割、DOS6.2を２つインストールしました。
それを地盤にして９８ＳＥ、Ｗｉｎ２ｋをセットアップする目的で作業を行いましたが９８ＳＥのインストール完了してＷｉｎ２ｋの所で「ここまででＭＳ−ＤＯＳ部分は終わりましたフロッピィディスクを抜いて下さい再起動します。」の所で起動ディスクを抜いて再起動したところ「システムディスクをセットして下さい。」の冷たいメッセージが帰ってきました。

Ｗｉｎ２ｋの修復セットアップが出来ないかと過去に作っておいた緊急用起動ディスクで起動したら何も起きません。
修復コンソールも出ませんでした。

ＦＤＩＳＫを試みると未定義の真っ黒な画面だけです。
インストール途中で全て消えてしまいました。
９８ＳＥの残骸すら残っていません。

ＨＤＤのフォーマットの際、最後のシステム転送の部分で必ずハングアップしたので
メモリが怪しいような気がしますがＲａのメモリはどうやって外すのでしょうか？
上下に揺すって外側へ抜きますか？現時点では４本のメモリスロット全て３２ＭＢのメモリで埋まっています。
他機種でメモリを抜き差しするだけでトラブルが改善された経験がありＲａもやってみたいのですがＤＯＳ／Ｖ機のような両脇にレバーが付いたタイプでないのでよくわかりません。恐らく外側へ倒すのでしょうが万が一ソケットを壊したくないので分かる方教えて下さい。

恐らくメモリは関係ないと思います。
外すには両脇の爪を外側に、で合っていますけど
この爪はプラスチック製で弱いとも聞きますので
万一にも爪を壊したくないのでしたらいじらないほうがよいでしょう。
原因は他にあると思います。

ぼんさんはEXIDEの実行されるタイミングを把握していないのではないでしょうか？
上記でご指摘のあるように、EXIDEは起動ごとに毎回実行されなくてはなりません。
EXIDEが読み込まれるか否かでHDDのフォーマットが異なりますので。

また説明にも書いてあったと思いますが、
EXIDEを使う場合はFDDから立ち上げる方法が従来とは異なります。
FDDから起動したい場合は、Fキーを押しながらHDDが立ち上がるのを待てば
EXIDE実行後にFDDを要求してきますので画面の指示に従ってFDDを入れてください。

とにかく毎回HDDから立ち上げてEXIDEの画面が出ることに気を付けてください。
そうしないと8.4GBとして認識してしまうので、
その状態でHDDにアクセスすれば40GBとしてフォーマットしたデータが消えてしまいます。

今回の場合は既にFDDから起動して2kを入れようとして
(8.4GBの状態で)フォーマットしなおした後ということですので
たぶん既存のフォーマットは既に消えている事になると思います。
そうでしたら上記のことを気をつけてセットアップしなおしてください。

ただ、時間が経つと忘れて同じ失敗を繰り返すかもしれません。
それが怖いのでしたら8.4GBとして認識した状態で使うしかないでしょう。

KAZZEZ さん 回答ありがとうございます。
９８SE、Windows2000共に無事インストールが完了出来ました。
ディスク容量も３２GBを維持しています。
今の環境を壊さないように気をつけて運用したいと思います。