当然９８の話ですよねん？
内蔵HDDの置き換えだから、CF-IDE変換基板を介して接続、ってことはインターフェースからはCFだろうがHDDに見えるだろうから．．

普通のHDDをスーパーフロッピーフォーマットしてシステム転送して（何のシステム化書いてないのでよくわからんけど(^^;)　起動できるか試してみてはいかがでしょう？

＞当然９８の話ですよねん？
ええ、ハードディスクがお飛びになった奴があるので。
＞普通のHDDをスーパーフロッピーフォーマットして（ｒｙ
非常に残念ながらXa7で使えるような低容量HDDは持ってないんです。
とりあえず実験してみます。

＞非常に残念ながらXa7で使えるような低容量HDDは持ってないんです。

有名なソフトで、ｋ.takata 氏の作られた、ICC というのがあります。
＞http://homepage3.nifty.com/k-takata/
ＨＤＤの容量を自由に変更できます。　勿論戻すのも簡単。
98使いの定番ですので、試されてはいかがでしょうか？

無理だと思います。＞スーパーフロッピーフォーマットのCFで置き換え

SCSI接続のMOドライブ(富士通M2512A)での実験になりますが
Windowsで正常に読み書き出るメディア(＝スーパーフロッピーフォーマット)を
HDDモードにしたMOドライブに挿入して起動させると、固定ディスクメニューで領域として認識されませんでしたので、、、

ＤＯＳ６．２ですが、普通に出来ました。
　（テスト用に使える物が、容量８ＭＢでしたのでＤＯＳで確認しました）
・Ｆｏｒｍａｔでハードディスクを選択。
・ディスクに該当ＣＦを選択。
・初期化
・領域確保（同時にＳＹＳＴＥＭ転送）
・ＴＡＢ＋電源ＯＮで起動領域選択
・ＣＦから起動　！
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環境
ＣＨＡＮＰＯＮ３＋ＩＯ社ＣａｒｄＤｏｃｋ＋８ＭＢ−ＬｅｘａｒＣＦ
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ちなみにＨＤ起動メニューが出ますので、スーパーフロッピー形式ではないようです。

報告遅くなってすみませんが、DOSからスーパーフロッピーフォーマットを認識できないせいでHD形式フォーマットに逃げました。
ICCというのも一応覚えておきます。いつか使えそうな気がするので。
皆様ありがとうございました。