DOSアプリケーションならSWITCHコマンドで良いと思いますが,DOSソフト以外のアプリケーションの一部では本体のセットアップメニューで設定する必要があったような気がします(設定項目ありませんでしたっけ?)。
http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/switch.htmこれの設定は,N88-BASIC(86)など一部のアプリケーションの使用に対して必要になるもので,多くのアプリケーションではアプリケーション側でコプロセッサの有無を判別するようになっています。Windows3.1もそうだったと思います。
ヒートシンクがCD-ROMの底面に接触せず,また熱暴走もしないようでしたら,CD-ROMは撤去しなくてもよいと思いますが(あのままでも空気は流れるような気はします),このCPUアクセラレータは猛烈に発熱しますので,精神衛生上悪いとなったらCD-ROMを外せばよいでしょう。