Win98で動いて2kで動かないというとソフトウエア側の問題でしょうか?
IRQステアリングの設定や、デバイス列挙の設定は変えてみたでしょうか?
Win98と2kでは設定ウインドウの出し方が異なるそうですが・・・。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98maniacs/19879.htmlPCI増設ではありませんが、Rvの話も出ていましたので、参考まで。
私はPCI増設はやったことが無いので的外れでしたら申し訳ありません。
ただ、いくつか下のスレの関連でPCIスロットについては多少調べていたので
機会があれば増設も面白そうだと考えています。