PC-9821でQLogic製FibreChannelボードが動作しましたので報告します。
ボードは QLA2100 (1G,Copper)です。
そのままですとAT互換機用SCSI BIOSが起動阻害を起こすので、GAボードと同様にSCSI BIOSにパッチを当てて書き込んでいます。
（QLogicのWebからSCSI BIOSをダウンロードしてパッチを当てています。）
Windows2000SP4の環境ではOSがドライバを持っているので、挿しただけで自動的にドライバがインストールされます。（QlogicのWebにもWindows2000のドライバは有ります。)

ドライブはSeagate ST118273FCを１台接続しただけなので速度は遅いですが、ちゃんと
読み書き出来ました。(Raid装置ではなく、FC SCA to Copperコネクタ変換基板を使用しています）
HDBENCH3.30の結果は以下になります。

QLogic QLA2000/QLA2100 PCI Fibre Channel Adapter
SEAGATE ST118273 CLAR18 351B

Read Write Copy Drive
14259 12116 2273 E:100MB

すでに98でFibreChannel+Raidを試されている方も居られる様ますが、自分でもWindows2000で動作するかどうか確認したかったので試してみました。
次はUltra320SCSIを試そうと思います。