少なくとも私がRv20+CHANPON ZERO3の環境で使っていた、Hercules GameTheaterXPや、今も使っているTerratec DMX 6fire 24/96はWindows98SE上やWindows2000上で動作することは確認済みです。ただし、GameTheaterXPではジョイスティックポートのリソース割り当てだけが上手くいっていませんでしたが。
逆に不動作を確認したのはAudiotrak Prodigy192ですね。あとはCHANPON ZERO上ではなくてもWindows98SE上では正常動作しなかった例として、Audiotrak MAYAやPhilips PSC706などがあります。
CHANPON ZEROでの実験を行ったのはごく一部しかありませんが、
http://jive.pekori.to/xt/sound.html にこれまでのPC-98上での動作実績をまとめてあります(自分のページで恐縮です)ので、宜しければご一読下さい。