こんにちは、くんです。
私は、内蔵ブートドライブは基本的に生SCSIにしています。

- RvII26 : IC35L036UWDY10
- Ra300　: IC35L036UWD210
上記は、Chanpon3 か SC-UPU2接続 にて U160 SCSIの36GB HDD
(実質34.5GB位)を32767.5MBに制限して利用しています。

- V233 : MAH3182
- Xv20 : MAH3182
上記は、容量制限することなく普通にLVDの18GBを使っています。

RvII26については、容量がほしかったので、外付けIEEE1394HDDもつけています。
Ratoc FR-DK2(IDE=>IEEE1394変換)に、Maxtorの300GBのIDE HDD「5A300J0」を
2つさしているので、内蔵SCSIと合わせて約600GBが利用できています。
内蔵のLVD HDDに比べてランダムアクセスが相当遅いですが、
シーケンシャルでは一応 Read 30MB/S、Write20MB/Sほどでますので、
実用上で我慢できる範囲に収まってくれました。

流石にSCSI BIOSの容量制限が響いてきた時代ですので、容量を望む場合は、
起動用とデータ用(OS上から見えるだけ)で分ける方が自然かと思って、
私は妥協してしまいましたが…。
# これでも以前は内蔵ディスクのみでなんとかしていたのですが負けました(^^;)

一例として参考になれば幸いです。
(しかし、PC/ATでファイルサーバたてて利用、が一番素直なのでしょうか)

今でもHDDから光学ドライブまで全部SCSIにしてます。

容量制限をモノともしない台数揃えれば良いんだよっ、と叫んでHDD買い続けて、
気が付くと18GのHDDの台数が30台を越える事態に(^_^;;　そんな事もあり９８も
自作機も18GのHDDを複数台使うようになってます。
稼働率の高い９８だけ挙げますと、

Rv20・・・ST318453LW + ST318452LW + ST318406LW
Rs20・・・MAM3184MP + MAN3184MP
Ra20・・・IC35L018UWPR15 + Atlas10K III 18G
Xv20・・・DK32DJ-18MP + MAJ3184MP

こんな感じです。ホストアダプタはIOI-A100U2WだったりSC-U2PSだったりCHANPON3
だったりマシン毎にバラバラです。

私もBOOTデバイスは全部SCSIですね。SCSIドライブの容量制限の技をまだ使いこなせてないので、時々１万前後でU160な18Gのドライブを見かけると買い足してますので、常用マシンは全部生scsiになりました。
＃おかげでUIDE系は全然役に立ってませんなぁ

私はＨＤＤにＩＤＥ＝ＳＣＳＩ変換を使用しています。
Rv26・・・ＳＣ−Ｕ２ＰＳ＋ＡＣＡＲＤAEC-7726H＋ＩＢＭＤＴＬＡ３０７０３０

だいぶ前に、LogitecのATAをSCSI変換している4.3GBのドライブの中身を27GBに換え、
PC-98が終わるまでこれでいけるだろうと思っていたのですが、
空きが少なくなり、ク○ラドの発売が目前に迫ったため、
いよいよ増設＆交換しなければならなくなりました。
でもRa20/N30＋CHANPON3＋Windows2000のため、32GB超がどうやっても扱えません。

IOのHDVS-UM60Gを2分割して使うか、U160SCSIの36GBを32GBクリップで内蔵増設するか・・・
前者は大容量だけど遅いし、
後者は速いけど、CHNAPON3の内蔵SCSIポートが2つともふさがってしまい
（50pinの方がすでにPIONEER DVD-303Sで使用中）外付けSCSI機器が使えなくなるし・・・

すみません。上の「CHANPON3でSCSIポート3つ同時使用できない」は誤りでした。
>［22440］ SCSI-HDDの容量制限
を参照していただけませんでしょうか。