＃電源が対応してないだけとか
＃VooDoo3だし(超ゴミレスかも。。。

CHANPON-ZERO上の電源回路がダウンしてAGPボードそのものが認識できない／載っていない場合でも、親基板側のPCI-PCIチップくらいは認識できるはずです。CHANPONZEROをさしたスロットが「空き」になってしまうのは変ですね。接触不良の可能性を点検してください。
なおPCI-PCIブリッジの配下のデバイスへのPCIセットアップ適用は事実上不可能です。IRQなどは設定の自由度がありませんし、I/Oアドレスもきちんと設定できません。拙作のchachaを使って下さい。

>親基板側のPCI-PCIチップくらいは認識できる
PCISETUPのバージョンによっても異なる可能性もありますが、ブリッジ配下にデバイスが存在しないときには、PCISETUP Ver1.40では、ブリッジボードを挿したスロットは、空きと表示されます。
接触不良の可能性を確かめるのには、まりもさんのpciirqrを、おすすめします。

なるほど1.4だとそうなるのですか。まったくPCIブリッジおよびIRQ配線共有に対応してないのですね。なおpciirqは現在はこちらpcilistになってます。
http://hp.vector.co.jp/authors/VA012947/software/pcilist.lzh

色々とＷｅｂ検索したところ、３ｄｆｘ系のＧＡを使うときにはまりもさんのＶＧＡＥＮＢも併用することが必須とあったため、ＶＧＡＥＮＢをセットしたところ、「設定可能なビデオカードが見つかりません」というエラーが出たため、Ｖｏｏｄｏｏ３がおかしい？と思ったりしました。
ＣＨＡＣＨＡも使わせていただきましたが、Windows起動時にデバイスの認識すら起きなかったこともおかしいなぁ、と思った状況です。
あと、怪しいのは電源ケーブルが届かなかったため、途中で切断して伸ばしていることですかね。
ちなみにＰＣＩセットアップのＶｅｒは1.50です。上にも書きましたが、ＺＥＲＯ上のＰＣＩにボードを載せると「ＰＣＩブリッジ」と表示され、何も載せないと「空き」と表示されます。ボード自体の不良も考えられますか？

Ver.1.40も、配下にデバイスがあれば、リソースの設定は、できます。
CHANPONZEROのAGPスロット上のデバイスも確認できました。はむはむさんの、Ver.1.50でも同様だと思われます。

>ボード自体の不良も考えられますか？
AGPスロットの接触不良、CANPONZERO上の配線不良と並んで、可能性は高いと思います。

ではまず電源ケーブルと子基板（二次側）なしで、親基板のPCI-PCIブリッジは認識できるのか調べてみてください。これで認識できなければ壊れているということになります。

今、親基板のみを差し込んで、ＰＣＩＳＥＴＵＰをしてみましたが、「空き」と表示されてしまいました。という事は壊れている、という事になるのですね・・・。
ちなみに、今気付いたのですが、親基板の４０ピンコネクタのＣＮ１側の下段左から４ピン目が折れています。これは元から折れているものでしょうか？

＞親基板の４０ピンコネクタのＣＮ１側の下段左から４ピン目が折れています。
　私のも確かにそこにはピンがたっておらず、その裏面にはCN2の33PINとをつなぐジャンパ線が飛んでいます。

>私のも確かにそこにはピンがたっておらず、その裏面にはCN2の33PINとをつなぐジャンパ線が飛んでいます。
あ、良かったです。不良なのかと思っちゃいました。

ところで、今ダメ元で試してみたのですが、CHANPONZERO上のＰＣＩにＵＩＤＥ−１３３/９８をさしてＰＣＩＳＥＴＵＰを実行したところ、「ブリッジ」と表示されました。ただし、ＡＧＰにさしたものはデバイス認識されていません。また、ＵＩＤＥ−１３３/９８につないだドライブ類は一切認識されないという結果・・・。
レス８．の症状とあわせると、やはり親基板の故障が濃厚なのか？

まりもさんのＰＣＩＬＩＳＴ、実行してみました。ＰＣＩボードをＺＥＲＯ上に載せるとＨｉＮＴ−ブリッジを認識、載せないと認識無し。ＰＣＩを載せた状態でＡＧＰも載せてみましたが、ＡＧＰは認識されず、でした。

親基板単体でpcilistで認識しないのにPCIに何か挿せば認識するというのは、ますます不思議ですね(^^;)。親基板単体では接触不良というのも考えにくいのですが…

＞ＵＩＤＥ−１３３/９８につないだドライブ類は一切認識されない
これについては「正常」です。
CHANPON-ZEROでUIDEシリーズを動かすには、UIDEのI/OアドレスをBIOSメニューの機能で強制固定にして、PCI-PCIブリッジのI/Oアドレス範囲と一致させる必要があります。PCI-PCIブリッジには割り当てられるI/Oアドレスは環境によって一定ではなくPnPが勝手に決めるので、一概にはいえませんが、他に何もなければデフォルトでは6000h〜6FFFhに割り当てられます。UIDEのI/Oアドレスは、その範囲内で他のデバイスと競合しない値ならなんでもかまいません。CHANOPN-ZERO上の他のデバイスは下の方から使っていきますので、逆に上のほうの6F00hあたり指定しておけば無難です。

再度、ＰＣＩＬＩＳＴを実行しましたところ、また挙動が変わりました。
親基盤のみ：
Bus:Dev Class Vender IRQ INT# B/M P/E I/O MEM SER FBB PED DPD SED
[0]:[13] PCI-PCI HiNT ** --- No No No No No o - - -

ちなみにこの状態では、ＰＣＩＳＥＴＵＰはやはり「空き」表示です。

その状態で正常だと思います。
なので、スロット側の基板のＡＧＰスロットの関する部分だけの不具合の可能性が高いですね。
★ＡＧＰスロット個別配線部分でのブリッジ基板の不具合の可能性も有りますけどね。

もしかしたらAGPスロットの横にあるジャンパーの設定が変わってたりしませんか？
ちょっと前に私も色々いじってる時にこれを変えちゃって、認識しなかった事があります

＃何のジャンパーかは分かりませんが……

>その状態で正常だと思います。
あ、そうですか。少し解決に向かってきたようで、嬉しいです。

>もしかしたらAGPスロットの横にあるジャンパーの設定が変わってたりしませんか？
えーと、現在はＪＰ６→全て１−２、ＪＰ１→全て２-３、ＪＰ１０→１−２、ＪＰ５→３−２となっています。標準のジャンパーはどうなっていますか？手に入れたときからこの状態で、各方面のサイトを見ると、いじる必要がないと聞いたものだったので、気にしていませんでした。

とりあえずうちの設定では以下のようになってました
JP1:1-2
JP6:2-3
JP5:1-2
JP10:2-3
ご参考までに……

＞JP1:1-2
＞JP6:2-3
＞JP5:1-2
＞JP10:2-3
あれ？全く逆ですね。まるしすさんのところでは、その設定でＡＧＰ動いてますか？
今確かめてみましたが、挙動は変わらないようです。どちらが標準なのでしょう？

私は現在この設定で動作しており、JP10を逆にすると認識すらしませんでした
これって何のジャンパーでしたっけ？1と6はINTの設定なのは覚えていますが……

うちのも、はむはむさんと同じ側になってます。

ということは、このジャンパにはあまり意味が無い、ということでしょうか？
やはり基盤の故障が原因のようですね。