MELCOのIFC-PCI7IU2(IEEE1394&USB2.0)ボードが売っていたので買ってきました。
ボードを見てもPCIブリッジが無いので、IEEE1394(VT6306)とUSB2.0(VT6212)が同じPCIバス上で接続されている様です。
そのまま98本体のPCIバスに以下を繋げて動作する事を確認した後、CHANPON-ZERO上のPCIバスに繋げてみましたが、問題無く動作しました。USB2.0の機器が無いのでEHCIドライバは入れていません。

PC-9821Ra333 + Windows2000SP4
LDV-R47F(Logitec IEEE1394接続DVD-RAM)
AC-RU1(ビクター製 USB音源)

PCIブリッジが無いのに2デバイスを1枚のボードに実装しているので、チップセットに接続するPCIデバイスのロード数カウントに違反している様な気がしますが、PCIブリッジの複数段接続に弱い98には逆に都合の良い製品かも知れません。CHANPON-ZERO3を使用している方にお勧めです。
どちらのコントローラもVIA製なので、好き嫌いが分かれるかも知れません。が、PCIブリッジを搭載していないので、もしかすると430NXや430LXな98でも使えるかもしれません。
PC-9821Xtユーザーの方の動作報告をお待ちしております。
（会社にPC-9821Xtが有りますが倉庫に入れてあるので、直ぐに検証出来ません。）