当方、PC-9821Rv20/N20を所有していますが、アルファデータ社のADF−1M(Cバス用FDD増設I/F)経由で外付け5インチFDDを使用しています。
このとき、タワー型ケースでは添付の接続ケーブルでは長さが足りず、十分な長さの34芯リボンケーブルにコネクタを付け替えて繋ぎました。
接続は、自作ケーブルの両側のコネクタをマザーのFDDコネクタ、I/Fのコネクタに接続し、ケーブル中間のコネクタ(オス)にマザーのFDDコネクタとFDDを繋いでいたケーブルを接続します。
あと、5インチFDD用信号線(8ピンコネクタ用)で、I/FのコネクタとCバススロットの取り付けてあるあたりの専用コネクタを接続します。
http://tokyo-green.ne.jp/98fdd/index.htmlには、参考になりそうな情報がありますよ。