現状ではインターフェースの差よりもつなげるドライブによるのでは？
理論上の転送上限速度はSC-U2PCIのが上です。よって今後出るのも含めてすべてのドライブを対象とした場合、可能性としてはSC-U2PCIのが勝てそうとは思います(コストパフォーマンスはIDEドライブのが遙かに上でしょうけど)

最近のオークションを見ているとUIDE-66の落札価格は1万円超、
SC-U2PCIは5千円程度なので、SC-U2PCIの方が速度が上ならば
コストパフォーマンス的にも5千円〜程度の差でしかないので
SCSIでも良いかなと思ってみたりするのですが…
理論値80MB/Sに如何に近づけるか
HDD選択のコツ何かあればご教示ください。

IDE なら IBM IC35L***AVVA シリーズが無難かと思います。
http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/98mania/thread17387.html
SCSI の場合は Seagate ST318452LW か Fujitsu MAM3184MP 辺りだと思います。
http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/98mania/thread15994.html
http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/98mania/thread16790.html

IDE 対 SCSI と言う事で過去ログをちょろっと見てみましたが、ＯＳや機種が違うので絶対比較という訳にはまいりませんが参考程度にはなるでしょう。
★此処で出てきた HDD の値段比較をしてみると５千円〜程度では済まない事が解ると思います。

そうそう、Ultra2SCSI の内蔵用ケーブル(ターミネータ付き)も結構な値段がしますのでお忘れ無く。

発熱も考慮するとIDEの方が良いと思いますが将来の拡張性を考慮しますと多少高コストでもSCSIの方がよろしいと思います。

SCSIでもSCAの中古HDDでしたら比較的安かったと思いますが(変換コネクタが必要になりますが)

結局使用目的とかが不明なので何とも言えませんが、例えば転送速度自体の比較でしたら
最近のIDE HDDとちょっと前のLVD SCSI HDDではそんなに差が無くなってきていますね。

理論転送値自体はU2 SCSIの方が高いですが、HDDその他にかかるコストもそれなりなので
ある程度の覚悟は必要ですね（笑
またMate-Xだと速度が出ない場合もありますので注意が必要かと。

HDDの情報とか詳しいことはいーとんさんもお書きになっていますが、過去ログなり
Xv協定・V協定の「ストレージデバイス掲示板」の過去ログに情報がありますので
調べてみるといいでしょう。
＃というか過去に何度も動作報告上がってますしね。

現行IDE-HDD IC35〜AVVAはATA66に繋いでも44MB/Sなどをたたき出すので(820マザーですが)、
安い、速い、流体軸受と揃っていてコストパフォーマンスはとても良いと思います。
U-IDE66は31.5GBまでのHDDしか接続できない事を除けば良い選択肢かもしれません。
価格はともかく、耐久力やその他負荷やランダムアクセス速度などを考えるとLVD HDDは気持ちいいですが(^^;)