IDE-98自身の設定状態について何も触れておられませんが、検討済みですか？
各種使用資源の設定如何で、いくらでもトラブルは発生します。
お書きになっているような表面的な症状だけでは原因を特定できないです。

ほへさん、ご回答ありがとうございました。こちらのみなさんなら詳細に書かなくとも
了解いただけると思い省略しました。申し訳ありませんでした。

IDE-98の設定ですが、いわゆるデフォルト状態から非Pnpモードに切り替えただけです。
また、「高速転送モード」をon-offしてみましたが、変化はありませんでした。
もちろん、リソースの競合もありません。

内蔵IDEのHDDについては取り外してあります。現在はもともとのHDDかごに4GHDD(Quantum)
を取り付け、電源だけをとっています。Win98が問題なく起動できて、動いています。
症状は、
a)内蔵IDEを取り付けて、そこにwin98をセットアップし、IDE-98のサポートソフトを
インストールした状態からDOS起動し、IDE-98に接続したHDDをフォーマットしても、
b)その状態からwin98起動ディスクで起動してフォーマットしても、
c)さらには内蔵IDEHDDを取り外してwin98起動ディスクでフォーマットしても、
まったく同じでした。もちろんいずれも8GHDDは4.2Gぐらいまでしか認識されませんでした。

私ができたのは、この程度の設定ですが、他にもなにかできることはあるのでしょうか？
過去ログを全部見たわけではありませんが、ここで紹介されている方々のページも見て、
そこにある限りの設定はやってはみたのですが、どうもうまくいかないわけです。
何しろ素人なもので皆目見当ががつかず、他に同様な症状を解決された人がいないものかと
藁にもすがる思いで書いてみました。表面的な症状以外にはわからないわけです。
他には、どんな可能性があるのでしょうか？また私はなにか勘違いなどしているのでしょうか？
要領を得なくて申し訳ありませんが、よろしくお願いします。

＞4.2Gぐらいまでしか認識されませんでした
ここのところを、具体的にどのような作業のどの場面で4.2GBとなったのか書くと、何かヒントが得られるかも知れませんが、いまのところの情報では見当がつくものがありません。IDE-98のBIOSの仕様としては、
・4351MBまでのディスクは内蔵IDEと同様に使用できる
・8702MBまでのディスクは内蔵IDEと非互換だが使える
ということのようですから、8GB（メガバイトで 8020MB程度？）のディスクで確保容量が4.2GB程度になってしまうということは無いはずなのです。

　むちゃくちゃ電気喰いなHDDで正式容量の認識が出来ていないという怪現象(？)が発生しているとか。自分の体験談で申し訳ありません、更にSCSIディスクで恐縮ですが、必要電源が供給電源を大幅に超えているとき(供給電源は外づけHDDより)8GBのディスクが515MBしか容量確保できなかったという例がありました。電源を交換したら問題なく8GB確保できました。ドライブはQuantum Fireball SE 8.4Sです。12V750mA、5V850mAの電気喰いです。(AtlasVだと1.5Aくらい喰いますが…。)　一方外づけHDDにもともと入っていたHDDはQuantum Marveric540Sというドライブで5V,12V360mA程度でした。これじゃ足らんわ…。
　但しIDEディスクはSCSIより低消費電力の傾向があり、さらにPC本体内蔵の電源だから当てはまらないかもしれませんが…。一応こんなこともあったということで報告いたしました。

ファームウェアレベルで容量制限かけたディスクドライブっていうオチも、そういえばありそうですね…。その富士通のハードディスクは、どういう経緯で入手したモノでしょうか。

　確かXa7eは4.3GBの壁のある機種だと思いましたので、
　内蔵IDEにつないでみれば、まりもさんの言われる、ファームウェアレベルで容量制限をかけたディスクドライブかどうかを確かめる事が出来るのではないでしょうか。

<B>まりもさん、おさださん、サトルシャンさん、</B>ご指摘ありがとうございます。
富士通のＨＤＤは、Yahooオークションで入手したもので、実はメルコの「BDI-N8.4GT」という製品です。
この中身が富士通のものを使っているわけです。
最初これは、アドバンスバイオスを組み込んで、Xa13/W12で使用していました。
Xa13は、UIDE-98を介して20GBに積み替えたので、Ap2用にしようとしたわけです。
その前に、Xa13につけたUIDE-98でフォーマットしたかもしれません。忘れましたm(__)m
とにかく、なにかでFDISKかけてフォーマットしたはずです。

Ap2に積んだ際、まずAp2の540GBHDDにwin98をインストールしてIDE-98を組み込み、その上で
「DBI-N8.4」をIDE-98につなぎました。Win98起動ディスクで起動してFDISKをかけると、
装置の容量が「４．２１」云々と表示されました。DISKINITでも同じでした。

消費電力はわかりませんが電源を分岐させてつないでいましたので、そのせいでしょうか？
これは、今つないでいる4GBHDDでも同じでしたが、一応フォーマットしてcabセットアップ
しようとすると途中でハングするわけです。

Xa7eにつなぐとファームウエアレベルで容量制限かけたディスクドライブかどうかが、わかるのですか？
ちょっとすぐにはやれない状況ですが（棚などを大幅に動かさなければなりません(^^;）
やってみたいと思います。でも、Xa13で使えていたのですから、大丈夫だとは思うのですが・・・・

どこに勘違いがあるのやら、ホントにど素人で申し訳ありません。
なにかわかるでしょうか？よろしくお願いします。

>実はメルコの「BDI-N8.4GT」という製品です
ビンゴですね。
「ファームウェアで意図的に容量を4.3GBだと偽っているハードディスク」そのものです。

>Xa13で使えていたのですから、大丈夫だとは思うのですが
そのような機種で、HDDアクセスに至る以前でハングアップしないためにこそ
わざわざ容量を偽っているのです。
正直に8G云々と返すドライブでは周知の通り固まってしまいますから。

わかりました。5.で書いた予想どおりです。DBI-N8.4GT でしたら、（通常のシステムで取得する）容量値を4.25GB(4351MB)以内に制限しています。これはそのままメルコの「advanced BIOS」をインストールして内蔵IDEインターフェイスで使うのがよいように思いますが、PC-9821Ap2では対応機種ではないですね。容量値を変更する「ICC」というソフトウェアがありますので、Xa7などに繋いでから 容量値を変更してください。それで本来の8GBになります。ICCの所在は下記の所です。使い方もその文書を参照して下さい。DISKINIT済みとのことなので、容量変更後には、FDISKで領域を全て開放ののち確保するところから始めれば十分です。
http://member.nifty.ne.jp/k-takata/mysoft/icc.html

＞まりもさん、ほへさん
さすがですね。感じ入っています。ありがとうございました。
いやあ、ハードディスクとはいっても奥が深い。本当に勉強になりました。
DISKINITで、初期化と思っていましたから、関係ないと思っていました。
要するに、ファームウエアを理解できていなかったということなのですね。
ご指摘通り早速、容量値を変更してやってみたいと思います。
本当に重ね重ねありがとうございました。
Ap2では他にもいくつかわからないところがありますので、またよろしくお願いします。

＞kazu5906さん

無事に解決に向かっているようで何よりです。うまく動作するといいですね。
すでに遅いかもしれませんが、今回の場合でも「過去ログ」を使うと問題解決のヒントを見つけることが出来たかもしれません。DBIシリーズで苦心する方は多いですから・・・
「DBI-N8.4GT」をキーワードにしても沢山検索に引っかかりますよ。
また冒頭に使用環境を詳しく書かれると解決が早くなると思います。パーツの型番等もきちんと書かれるといいでしょうね。
＃いくらここの常連の方でも、何も書かれないと「推測」すら出来ないこともありますからね。

　言葉が足りなかったみたいです。
　Xa7eの内蔵IDEにつないで異常なく起動出来、4.2GBと認識されるようならば、8GBのHDDであってもPC-98本体からは4.2GBのHDDと同じように扱われている。
　つまり、ファームウェアレベルで容量制限をかけたディスクドライブではないかと言う推測が濃厚になる為です。

>>Xa13で使えていたのですから、大丈夫だとは思うのですが
>そのような機種で、HDDアクセスに至る以前でハングアップしないためにこそ
>わざわざ容量を偽っているのです。
>正直に8G云々と返すドライブでは周知の通り固まってしまいますから。

　何故推測出来るかは、ほへさんのおっしゃる通りです。

＞バイザーさん、サトルシャンさん
ありがとうございます。原因がHDDにあるなどとは思ってもいませんでしたので、調べても
いませんでした。Xa13で8.4Gで使用できていたということが、HDDを疑えなかった理由でした。
要するに、思いこみの結果ですね。まったくお恥ずかしい。
Xa7eでのチェックも「ハングするか否か」ということでわかるなどとは知りませんでした。
しかし、はじめて書きこみさせていただきましたが、みなさんの豊富な知識には本当に敬服します。
また、親切なお答えばかりで本当にたよりになるなという気持ちです。
この週末にでも作業に取りかかりたいと思います。結果についてはまたここに書かせて
いただきます。ありがとうございます。