ざっと見たときの推測で申し訳ないですが、ＣバスモデムボードのWake on Ringは、着信の信号を、Ｃバスの予約ピンを使って（潰して）、マザーボードに接続しているようです（モデム専用スロットと、他のスロットとで、当該ピンは繋がっていません）。V200のＣバスバックボードはそういう意味でも特殊な部分があります。ではモデムボードと繋がっているのはマザーボードのどのチップかというとこれもよく判らないですが、PRETTY-531 とか PUREと書かれたチップがどうやら電源管理ICのようなので、たぶんここに行っているのではないかという気がします。

Wake on LANができないのは、単純にネットワークボードとマザーボードとを結ぶ線がないからです。PCIのネットワークボードの場合も、PCI 2.2規格である必要がありますが、98ではサポートされた機種はありません。

＞Wake up on LAN
オンボードで持っている機種ならいくつかあると思いますが、
それなら可能なんですかね・・・？

ちょっと訂正かも(^^;。V200以外の機種でも、モデムリングオンが使用できるので、V200のモデムスロット専用のピン、と言うわけではないはずです。これを使うのはモデムの音声信号でしょう。

＞オンボードで持っている機種ならいくつかあると思いますが、
＞それなら可能なんですかね・・・？

NICのチップ自体がWOLに対応していないとダメなんじゃないですかね？

＃私は82557でWOLに対応した板を見たことが無いんですが、あるのかなぁ・・・

という事は次の点をクリアしていれば（できれば）Wake on LANができる可能性があるということでよろしいでしょうか？
クリアするべき点は

1.電源管理ICへの制御信号がWake up on RingとWake up on LANで同じであること
2.電源OFFの場合でもLANボードに電源が供給されていること
3.LANボードからWake up on LANの信号を取り出せること
4.取り出した信号を電源管理ICへ送れること

でしょうか。

動作原理をよく理解していないので憶測モードですが、モデム着信の場合は、それがあったときに即座に電源オンするだけでよいように思えます。これに対し、LANの場合は、ただ何でもパケットが来たら電源オンでは困ります。LANカードが生きた状態で、起動を指示する特別なパケットを受信する必要があります。wakeup on LAN対応のカード(PCI 2.2)を見ると、スタンバイ時の給電／起動通知用の別ケーブルがあって、マザーに繋がっていますよね。少なくともLANカードに給電を行ない、PCI 2.2で追加されたPME#ピンを働かすようにし、別ケーブルに出ている起動通知の信号をなんらかの形でＣバスモデム着信ON信号に入れ込むようにするところまでやらなければ（やっても？）、ダメでしょう。

>起動を指示する特別なパケット
いわゆる「マジックパケット」といわれる物です。
少なくとも、PC-9821オンボードNIC（NECはNIBと呼んでいるようです）は対応していないと思います。

>電源管理IC
実は、ワンチップマイコンです。電源LEDもここにつながっています。98TimerもこのICを制御しているようです。

・・このICの出力に、リセット信号が有ればリセットスイッチも可能かな？

電源管理ICはすっ飛ばしてしまって、電源ユニットのPS-ONピンを引っぱればとにかく起動します。究極の手抜き法として、Wakeup on LAN対応の小さな（最小限度構成の）PC/ATマシンを用意し、そのLANカードの起動通知出力を、9821V200の電源のPS-ONを引っぱる回路に入れてしまう、という手があります(^^;。本体の電源が確定したら、LANカードからのPS-ONは無効にするようにしないと、永久に電源が落ちなくなるので、そのへんは工夫するとします。

＞電源LEDもここにつながっています
おぉ、あの停電回復時のLEDピコピコ点滅も、この one chipマイコンが司っていましたか。このchipは、ある程度の汎用品なのでしょうか？。
ところで 9821のI/Oポートからこのマイコンをいじる方法って、書かれたモノは見たことがありませんよね…。

＞ただ何でもパケットが来たら電源オンでは困ります。

全くその通りですね。
ところでＣバスのNICでは無理なのでしょうか？
Wakeupのパケットを取り出す事がまずダメかな。