ケーブルが原因というのは十分考えられることだと思いますので、原因の切り分けのためにも
ケーブル及びターミネーターを交換してみてはいかがでしょうか？

以前も少し報告した覚えがあるのですが、ウチのXv20/W30+CHANPON3の場合どうやっても
起動しないSCSIケーブルがありましたので。
（他のH/Aだと全く問題なく動作するんですが・・・）

早速、ケーブルとターミネータを交換してみました。
が、今のところ症状変化なしです…

ただ、menu.exeで初期値に戻してもFD起動からは見えてる様子

HDDはLVDモードでもChanpon3側を40MB/sに落とすと使える感じです
初期値の80MB/sではHDD起動できないがFD起動は可能
FDから起動後、HDDは見えておりファイルをコピーしてみる
しかしながら、エラーが発生しておりデータサイズやファイル名が一部おかしい

とりあえずHDDにAtras10KIIIでもテストしましたが相変わらずです

なかなか厳しい状況のようですね（汗
もう行われているとは思いますが、PCIスロットの位置変更とかCPUの交換等を行ってみても改善しないでしょうか。
BIOSの設定の変更で不具合の回避報告が最近あったと思いますので、過去ログを参照してみるのもいいかもしれません。（すみません、ちょっと記憶が曖昧です）

私もXv20/W30+CHANPON3でだいぶトラブルに悩まされました。当初はFD起動すらしない・HDDを認識しない・Windows2000のインストール時のファイルコピーでエラーが出る等の症状が続出して全く使い物になりませんでした。
ウチにある数種類のLVDケーブル及びターミネーターを組み合わせて試したところ、ある程度正常に動作する組み合わせがありまして、そちらでなんとかWindows2000のインストールまでは出来ました。
ただHDDの転送速度の低下現象（これはXv協定のストレージデバイス掲示板でも報告されていますが）が改善せず、ファイルコピー時にもデータがおかしくなる等の症状が多発しましたので現在Xv20では使用していません。

あまり報告が上がっていないので断定するのは早計だとは思いますが、430HX機とCHANPON3の組み合わせにおいてはトラブルが出やすい気がします。
全くトラブル無しで導入出来ている事例もありますが、高速HDDの転送速度低下は発生しているようです。
DNESクラスだとMate-Xでも問題無いレベルなんですが、それ以上高速になるとHDDの能力を生かし切れなくなるようです。これはIOI-A100U2W+Mate-Xで過去に検証されていますが。
Mate-R+CHANPON3でもトラブルの事例はありますが、個人的な感触ではMate-X系よりも導入はスムーズにいくようです。
（ウチのRa20/N12ではWindows2000のインストール時に若干のトラブルがありましたが、現在は問題なく動作しています。ただHDDからのDOS起動が出来ない現象がでていますのでWindows98がインストール出来ずにおりますが（汗）

未だに購入されていらっしゃらない方も多いようで、検証自体の数が少ないのが残念です。
今後不具合の回避方法が発見されるといいのですが・・・

お付き合い頂きありがとうございます。

PCIスロットの位置についてはテスト済みです、CPUはK6IIIからMMXPentium200に変更済み。
だめもとでPentium133行ってみる予定です。
とりあえず、IRQ等リソースの固定はまだ未検証です。
平行して情報も検索しておりますが、当方と同じような症状は今のところヒットしないですね。

個人的にはIOデータからSC-UPU2にUSB2.0付けてほしい今日この頃…