コントロールパネルのゲームコントローラ　→　追加　→　その他
で、標準ゲームポートを追加してください。
ただし実際には存在しないデバイスなので入れたあとすぐに無効にしてください。
（ジョイスティック関係のドライバがインストールされるので無駄な行為ではない）

再起動させたりすると、デバイスマネージャの
サウンド、ビデオ、およびゲームコントローラ　の項目に標準ゲームポートではない
別なゲームポートがヒョコっと現れてる、ハズ（汗
現れてなかったら、
http://ymf724.ipconfig.net/　に行ってYMF7x4Utilitiesをもらってきて、
実行させてみて、ゲームポート有効にチェックが入っているか見てみてください。
それでも駄目ならＹＭＦのドライバをアンインストールして、またインストール・・・
（だんだんあいまいになってく（爆））

　参考になるかどうかわかりませんが、Xwave6000とWin98とPC-9821Xv13/W16の組み合わせで使用していたとき、JustyのJPD-108という15PINゲームパッドの動作がおかしくなることがありました。何も押していないのに方向キーが押された状態になったり、何も押していないのに単発用のボタンが連射で押されたことになるです。このパッドはボタンの配列(ゲーム掲示板のお奨めのパッドの項目で挙げました)が個人的に好みに合わないのでCHANPON3とＵＳＢゲームパッドを買ってきてからはお蔵入りになってしまいました。
　この問題のパッドを使用していたときはドライバ(添付のFDあり、AT互換機のみ対象ですが、自分のマシンでも導入できました。)を何回も入れなおしてマシンの再起動を繰り返して動作安定を望みましたがだめでした…。

うちの、Xt16では正常に認識してました。YS2エタ−ナルをゲームポートに接続したPADでプレイしましたが、何のもんだいも無く最後まで遊べました。OSは、Ｗｉｎ９８ＳＥですが、、、