それはやめましょう!!　コネクタは34ピン、電源コネクタ分離(まさか一体型で26ピンではないと思いますが…)でAT互換機(DOS/Vというのはやめましょう。ＰＣ本体に対してこの言い方をひどく疑問視される傾向があります。)と同じなので間違えそうですが、制御とか一部仕様が異なるようです。
　PC-98用ならFD-1231Tが使用できますが、NEC以外だとSONYやCITIZENなどがあります。これらだと互換機用と見た目では区別がつかないとおもうので混同に注意してください。
　あと、FDD自体ではなくマザーのFDコントローラ周辺がイカれているとなると厄介な状況になります。

１）boot設定は「標準」になっていますか？
まさかとは思いますがboot装置をＨＤに設定したままになっていると言うことはないですよね。

２）ケースを外した時にFDDコネクターも外しましたか？
再セットの時にコネクターを裏・表を逆差しにしたとか。　私は逆差しの経験者です。　どちらでもいけるので気づかず、当然ＦＤ起動不可でした・・・ＦＤは没でしたが、ドライブは故障してませんでした。

おさださんありがとうございます。
>あと、FDD自体ではなくマザーのFDコントローラ周辺が
>イカれているとなると厄介な状況になります。
う〜む。やはりあきらめるべきなのかな〜。
交換しても治らないかもですね〜〜〜。
長年お金をかけてきただけに見捨てるのは惜しいです。

os9さんありがとうございます。
>１）boot設定は「標準」になっていますか？
boot設定はどこで設定するかわかりませんが変更してません。
またHDDを外してFDDだけで起動してもFDDを読みに行ってません。
>２）ケースを外した時にFDDコネクターも外しましたか？
コネクターは外してないのです。
P.S 何店かまわったのですが98の中古FDDって売ってないもんですね(><)

今、探しているんですが
どなたかのＨＰで９８用に改造して動作確認していた方がいらっしゃったんですが
そのＨＰを見つけることが出来ないでいます。
全部の機種で改造が出来るものではなかったと思いますが　・・・　。　（す、すまん　力になれず

V20用のFDDなら、PC-NETにジャンク扱いで常時大量に在庫がありますよ。
まだ無くなってはいないはずですが・・・
ちなみに型番はここで確認してください。
http://www12.freeweb.ne.jp/computer/ematei/kenkyu/98fd.htm

一応、見つけることが出来ました
http://www.janis.or.jp/users/omoikane/
ここの　ＰＣ-９８改造 　です。

専用品のほうがいいですね！？

次のことをお試しいただけませんでしょうか？
1.FDDケーブルの挿しなおし。コネクタの向きを間違えないようにお願いします。コネクターの突起部は上向き挿入です。
もしかしたら、FDDの電源ケーブルが外れかけていませんか？
2.ESC+HELP+9の3つのキーを押しながら起動する。
電源を投入して一瞬「ガッ」と言う音がFDDから聞こえれば、一応シーク動作はしていると思います。
3.周辺機器を全て外し、HELP起動して各種の設定を確認してください。また、モニターの水平周波数は本体とマッチしていますか？

FDDにPC/AT互換機用を使用するとマザーボードを破損する場合があります。9821用をご用意下さい。

>boot設定はどこで設定するかわかりませんが変更してません。
　MS-DOSコマンドのSWITCH.EXEです。PC-9800のWindows95以降(NT、2000は多分不可)にも入っています。

ろぜさんありがとうございます。
>V20用のFDDなら、PC-NETにジャンク扱いで常時大量に在庫がありますよ。
PC-NETとはhttp://homepage2.nifty.com/PC-NET/index.htmlのことでしょうか？
どこを見たら大量の在庫がわかるのでしょうか？

HAMLINさんありがとうございます。
FDDケーブルも差しなおしてみましたがダメでした。HELP起動でも確認しました。画面のほうは映っています。
>.ESC+HELP+9の3つのキーを押しながら起動する。
>電源を投入して一瞬「ガッ」と言う音がFDDから聞こえれば、一応シーク動作はしていると思います。
「９」がどちらのキーかわかりませんでしたが、どちらにしてもFDDは動く様子はありません。「ピーーー」という音がします。

ちょっと詳しく説明しますと、愛機は純正HDD 2Gと増設3.2G HDDを内蔵しておりまして、ディスクの空き容量が少なくなってきたのでHDDをFORMATしOSを再インストールすることにしました。今までは何度となくWIN98SEを入れ直してきたのですが、今回は初めてWIN2000を入れることにしました。
WIN2000を2Gの方にインストールが成功した後、WIN2000上で3.2Gの方をNTFSでフォーマットしたのです。
しかし、手持ちのSCSIボード(IO製SC98III)やグラフィックボード(IO製GA-RUSH6/PCI)がWIN2000に対応してないことに気付き、（気付くの遅いのですが）仕方なくWIN2000をあきらめてWIN98SEをクリーンインストールしようと、FDDから起動ディスクで立ち上げ2Gの方をFORMATしたわけです。
で、setupしようと再度FDDから起動させようと思ったのですが・・・・ここからがFDDを読まなくなってしまったのです。
電源を入れ直してもHDDから起動しようとして固定ディスク起動選択メニューのようなものが出てしまうのですが、HDDにはシステムは入ってませんのでどうしようもありませんし、こうなればとHDDを外して電源入れてもFDDは読まずに「システムディスクを入れてください」が出ているのです。

CPUをAMD-K6-2+550MHz(HK6-MD550P-NV4)に交換してまして、このタイプはキャッシュコントローラーを必要としているため、OS再インストール時はもとCPUに戻す必要があり、何度も開け閉めは面倒なため、ここまでの一連の作業をケースを開けっ放しで行っていたのです。それが悪かったのかどうかわかりませんが、とにかくまぁというわけでFDDが読まなくなり、一瞬にしてただの重い箱と変わりはて使えなくなったというわけです。もちろんFDDが悪いかどうかは私のカンですので交換したから治るとは限りませんが、私としてはこのPC98にパソコンを教えてもらい楽しまさせてもらったと思っているのでちょっと惜しいのですね。（長文大変失礼）

おさださんありがとうございます。
>MS-DOSコマンドのSWITCH.EXEです。
>PC-9800のWindows95以降(NT、2000は多分不可)にも入っています。
HDDは空ですし、FDDが動かないのでMS-DOSが読めないのです。

そっちのPCNETじゃなくてこっちです。
http://www.prins.co.jp/index.html
ただ通販には98FDDは置いてないようで。
店頭にはいつも在庫があるようなので、「クレームはつけない」とでも言えば送ってくれるかもしれません。
一度店舗の方に問い合わせてみては？
ただ、今は新年セールで忙しそうなので、落ち着いてからの方がいい対応をしてくれるかもしれませんが。

ろぜさんありがとうございます。
私は福岡に住んでいるのですが店頭で98FDDを見つけることが出来ませんでした。
東京の方はうらやましいです。

to_mat様
12から拝見する限り、FDDが破損している可能性は低いのではないでしょうか？
トップカバーを開けて作業していると、知らず知らずのうちに関係のないところまで触ってしまうことがあります。特に今回は、HDDを触られているようなので、FDDの基板側のコネクターは外れていませんでしょうか？　また、FDDのドライブセレクトのジャンパープラグがついていますか？ついていないと選択されません。
また、テスターをお持ちなら、FDDの電源端子に所定の電圧が来ていることを確認してみてください。
あるいは、別の9821で作成した起動ディスクで立ち上げてみてください。その際は、面倒でも元のCPUにしてください。
>FDDは動く様子はありません。「ピーーー」という音がします。
このあと、メモリーカウントが行なわれ、しばらくして「システムディスクを入れてください」などと表示されますでしょうか?
電源投入時、FDDのアクセスランプが一瞬でも点灯しますでしょうか？
多くの情報があれば、より原因の絞り込みができます。

HAMLINさんありがとうございます。
・基盤側のコネクターを確認しましたが外れてません。
・起動ディスクも別の9821で作成したものも含め何枚か試しましたが読まれませんでした。
・テスターは手元にありませんのでまだ試してませんが、金曜日に試してみます。
・電源投入時、FDDのアクセスランプは全く点灯しません。
>FDDのドライブセレクトのジャンパープラグがついていますか？
すいません。ちょっと私にはこの意味がよくわかりません。
>>FDDは動く様子はありません。「ピーーー」という音がします。
>このあと、メモリーカウントが行なわれ、しばらくして
>「システムディスクを入れてください」などと表示されますでしょうか?
いいえ、音がずーっと鳴りつづけます。
CPUは元のCPUに差し替えてます。

>FDDのドライブセレクトのジャンパープラグ
FD1231T形FDDであれば4PIN電源プラグと34PIN_FDD用フラットケーブルコネクタの間にある小さなジャンパーのことです。シルク印刷ではDXと書かれているはずですので,0側にプラグを取りつけます。ここにプラグが無いとFDDとして動作しません。FDDの形式(P/N番号を含む)を教えていただければ,場所をご連絡致します。
>いいえ、音がずーっと鳴りつづけます。
ピーと鳴った後,キーボードから手を離し、再度リセットボタンを押して再起動するとどうなりますか？

FDDケーブルを外したとき,一度でも逆挿しはされなかったでしょうか？
究極のリセットとして,一旦電源ユニットを取り外し,その下にあるリチウム電池を1分間以上取り外して基板上のSRAMに記憶されている内容を消します。その後,ESC+HELP+9起動を数回繰り返すと元に戻るかもしれません。この方法でハードウェアをこれ以上壊すことはありませんので,安心して試してみてください。
そろそろ,スレッドが流れそうですので、さらに情報がご入用であれば,一定の時期にPART2として新スレッドを立ち上げてください。

何かの接触不良が怪しいとは思いますが、
蓋もHDDも外していることですので、
基本に戻ってチェックされてはいかがでしょう。

まず、CバスのボードやPCIのボードも全て抜き、FDDケーブルもIDEケーブルもマザーから抜きます。
メモリも外します。

CPUだけつけて電源を入れてみましょう。
ピポっと言えばCPUは生きています。
続いて「ぴ〜〜〜〜〜」となればメモリ異常のサインです。

一旦電源を落としてメモリを1組だけさして、起動しましょう。
先ほどの「ぴ〜〜〜〜〜」が無くなれば、メモリは正常です。
続いてメモリカウントが始まります。
もしモニタに何も映らなければ、[GRPH]＋[2]を押しながら、リセットします。
これで映らなければギブアップです。
メモリカウントが見えればGA関係は生きています。

一旦電源を落として、FDDをつないで起動してみましょう。
ここで、読みに行かなければ、FDDの故障でしょう。
FDを読みに行けば今までの状態より良くなっています。(^_^;)
起動可能なFDを入れてみましょう。
起動できればFDDはOKです。
あとは、HDDや各ボードを1つずつ付けて、正常かどうかをチェックしていきます。

９８用FDDを捜すのでしたら、HAMLINさんの作成された↓のXグループのものを探しましょう。
http://isweb12.infoseek.co.jp/computer/ematei/kenkyu/98fd.htm

＞P.S 何店かまわったのですが98の中古FDDって売ってないもんですね(><)
捜す場所としては中古のパソコンショップに限ります。
また中古のFDDでなく、ジャンクFDDの中から捜しましょう。
中古で売るためには、動作確認をしなければなりませんが、今時動作確認用の98を一台確保してまで、中古で売るようなことはしないと思います。
また時間や交通費とかも考慮すると、オークションや個人売買のサイトで探すほうが早いor安いかもしれません。

過去．昨年８月頃から９８マニックス掲示板に数次情報掲載有り（鳥？）でFD1231Tの情報で
AT用基盤を変更で９８に私も1台作成動作OK（G8XQT）
98用34ピン FD1148T（134-506326-901-0）.FD1231T（134-506790-011[112]-0）
SONYはMPF520-F　(F/D10)：4-630-222-01.Citzenは OSD-U又OSD : E26J