>画面がXGAでフルカラーに固定されてしまって変更できません。そこで、アイオーの
>GA-S2K32/PCIを購入しようと思うのですが
ここの論理展開がわかりませんが、S2K32はDirect3D速度、とりわけ2D速度はBansheeに比べていまいちです。ゲームによってはBansheeより高速になりますが、なんかこの板Direct3D部分が「変」です。HardwareT&L機能も「存在している事実だけが重要」というくらい使い物になりません。OpenGLは結構速いですが（PC98ではマシンパワー的にあまり関係ないがソフトDVD再生の画質もなかなか綺麗）、全体の速度自体への過度の期待はしないほうがいいかも。
解像度固定についてはモニタドライバやボードを変えてみるとか。

両方のボードを実際に使っています。

画質はほとんど変わりません。現行の高画質＆高周波数ＯＫなＣＲＴであれば、
２つともかなり綺麗な画面になります。ただ、ゲームになると違いが。

実際、バリバリなポリゴンゲー「野球道４」を

で動かしてみたところ、Ｓ２Ｋの方は遅すぎてゲームになりません
でした（＾＾；）。かたやＦＸ１６Ｎの方は、実に滑らかに動作しています。

ワープロ＆表計算とかでしたら、両者の違いは無いと思っていいですが、
ゲームに関しては一部速くなりますが、総合力はＢａｎｓｈｅｅの方が上
と思います。

おれも両方使いました。画質はともかく、発色はGA-S2K32の方がかなりキレイです。

しかしながら、ゲーム用途になるとGA-S2K32はかなりだめでしたね…。
それでもWin9xでVer1.10Betaや1.10を使えば結構いけるんですが、
うちのメインであるWin2000上では、DirectX関連がかなりしょぼいスピードしか
出ませんでした…。Xv20、RvII26、Rv20、Ra18どれでも似たような感じでしたね。
つーかI-O/Data様Win2000もVer1.10出してくださいませ…。でもでなさそうだなぁ…。
WinXPに対応するついでで2000用も共有のドライバで更新してくれる事を祈るしか…(--;)

で、それより肝心のWGP-FX16Nのトラブルに関しては、
モニタドライバの変更でドライバディスク２に入っている
「BUFFALO〜」を選択すればおそらく改善されます。
リフレッシュレートの変更についても同様です。