長文で読みづらいかもしれません。すみません、まとめられませんでした。

給料が入ったのでＣＨＡＮＰＯＮ２を買ってみました
Ｘｖ１３／Ｗ
ＨＫ６−ＭＳ５００／Ｎ４
純正ＰＣＭＣＩＡアダプタ（Ｘａ７ぶち抜き）
ＧＡ−ＶＢ１６／ＰＣＩ
ＵＩＤＥ−６６
という構成です

ＢＩＯＳ付きのままではメモリチェック後停止
ＢＩＯＳ抜きの後差し込んでＷｉｎ９８ＳＥを上書きするとＩＥＥＥ１３９４は直認識。ＵＳＢとＡＴＡが認識せず。ＵＳＢはドライバを入れて素直に認識、ＡＴＡはドライバ自体を認識せず。なぜかシステムデバイスにプロセッササポート（だったと思います）が出てきて！がついている。仕方がないのでとりあえず初期化して、必要外のボードを抜いて新規インストール。
新規インストール後、改めてＣＨＡＮＰＯＮ２を差して起動。プロセッサ〜は消えたが、やはりＡＴＡはドライバを認識すらしない。仕方がないので、ＣＭＤのＨＰへいってチップのリファレンスドライバを拾ってくる（非ＲＡＩＤ）。とりあえずリファレンスドライバを入れることには成功。
しかし、デバイスを正常に認識せず。リソースとしてＩ／Ｏポートアドレスの競合を確認。過去ログを参照したところリソース固定で認識すると書いてあったので、ＰＣＩセットアップを立ち上げる。ＰＣＩ３がＰＣＩブリッヂになっていてその下の割り込み等の固定をする。
再起動後、ドライバを再度求めるので再度インストール。これですべてのデバイスが正常に認識される

といった感じです。基本的に過去にあった成功例をそのまま受け継ぐ形でインストールは可能でした。
ポイントは
差したままＯＳのインストールができないかった。（謝ったリソースが存在してしまう。ちゃんと入れる方法はあるかもしれませんが確認してません。もしかしたら消せ良いだけなのかもしれません）
ドライバはリファレンスを使わないとだめ（ＢＩＯＳを抜いた時点でＲＡＩＤが使えなくなるためだと思います。）
割り込みを固定しないとＡＴＡが訳の分からないリソースを勝手に使う

実はまだデバイスをつないで動作をさせてません。ＵＳＢ２．０デバイスを持ってないのでこれは確認できませんが、それ以外は確認できると思います。（地図で安いＩＥＥＥ１３９４カードリーダが売っていた（２ｋ）のでこのためだけに狩ってしまいました(^^;)）

ＣＨＡＮＰＯＮのせいでは無いのですが、このマシンが安定してないので（おそらくＮ４下駄が原因）うまいこといかないかもしれませんがいろいろやってみたいと思います。

＃関係ないですが、ＰＫ９８−ＭＩＳＴＲＥＳＳ９が役に立ってます。ＵＩＤＥ−６６が使えない状況においてそのまま内部ＩＤＥでＨＤＤを起動できるのはかなり便利です。緊急用、ＳＥＴＵＰ用としてだけでもこの金額を払う価値があります。土野明日香様と玄人志向様に大感謝です。（ただ、起動時にＢＥＥＰ音がなるのはキーボードエラーみたいで怖いですけど（^^;）
＃ここについでで書くのは失礼とは思いますが、スレたてるのもなんなので・・・・一言お礼を言いたかったのでご勘弁を・・・・