システムセットアップでの切り離し設定はせず、標準のIDE接続HDDを
物理的に取り外すだけすれば、SCSI接続のHDDは普通に認識されるはずです。

念の為、HDDは既に98で初期化済みですよね？

あとストレージ系が認識されなくなる事は、壊れたデバイスを接続した時や、割り込みが
重なった時に多いので最低限のボード類だけで、とりあえずSCSI化してみるとか。。
あとはDDRSの設定とかでしょうか…
少なくとも、PC-9821でフルSCSI化できなかった、とか聞いた事ないので一つ一つ可能性を潰した方が良さそうですよね。
特にSCSIはコレにつきるかと（苦笑）

書き忘れです(^^;

IOのSCSIではあまり無いんですが、他のメーカーのボードではそのボード意外で領域確保したHDDを領域開放しないままつけるとボードのチェック通らなかったりってあります。
現状で、既にそのHDDをお使いの場合は超ゴミですけれど。(^^;

>SCSIボードも認識されなくなってしまいます。
詳しい情報がないので推測ですが、Win 上でのことなら

SC-UPCI をBIOS 無効にしてるとか。
SCSI HDD が BOOT 不可になっているとか

内蔵固定DISK がある状態での HDD 起動MENU で、SCSI HDD から起動できますか？

やた！動作しました。
標準HDDだけでなく標準CDドライブも外さないといけなかったようです。
HDDだけフルSCSIってのはダメみたいですね…

ちなみにHDDはAT互換機で使用していたものですが、
SCSIボード付属のツールで物理フォーマットをかけてあります。

ありがとうございました。

↑う〜ん、一概にそうとも言えないんです。ＳＣＳＩ化に際し外さなくては装置全体が動作しないＣＤ−ＲＯＭ（これは未体験ですが白兎さんのがそのようですね）、一応動作するがＨＤＤ,ＣＤ−ＲＯＭがＭＳ−ＤＯＳ互換モードになるもの、プライマリ・マスタにＩＤＥのＨＤＤがないとＣＤ−ＲＯＭ自体を本体に認識させないドライブ（ＴＯＳＨＩＢＡの多くがこれに該当）、まったく問題のないもの・・・といろいろあるようです。ただ、今までＰＣ-98に標準で装備されているＣＤ−ＲＯＭではそういったものに出会ったことがないです。（接続はセカンダリ・マスタですよね？）
過去にも何度か書きましたが、ＨＤＤがＳＣＳＩでＣＤ−ＲＯＭがＡＴＡＰＩで問題の無いことを私が確認しているドライブは下記のとおり（本体はPC-9801BX3/U2,PC-9821Xa9/C,Xa7e,Xa13/K,Xv20/W)
*Xa9/C,Xa7e,Xa13/K標準４倍速(SONY)
*Xv20/W標準８倍速(松下寿)
*ATAPI CD-ROM(BALK)外箱にはCYBER DRIVEと記載
*AOpen CD-ROM 48x(BALK)
*TEAC CD-56E(MELCO CDI-6FB)