USBインターフェースカードをPCIに増設してUSBのMOが使えるようになったが、内蔵のCD-ROMドライブと外付けCD-RWドライブが使えなくなった、ということでしょうか
増設したUSBカードや外付けCD-RWの接続方法はなんですか？

早速のご連絡ありがとうございます。
多分そうではないかと思います。なにぶん、ＵＳＢ装着後はＣＤ等の使用をあまりしませんでしたので最近まで（２〜３月）気が付きませんでした。
ＰＣ９８２１Xa9には二つのＰＣＩスロットルが付いていますので片方にＵＳＢ用スカジーボード、他方にＣＤＲ、スキャナー用のスカジーボードを装着し、直列接続にて使用しています。

USB用SCSIボードとか直列接続とか書かれていますが、それでは意味不明なので、
もっと具体的に書かれた方がいいと思います。
何より、増設したUSBインタフェースカードの機種名、もう１枚のSCSIカードの機種名を
きちんと書いていただけないと、誰にも答えられないです。

あと、余談ですが
スロットル→スロット
ディバイス→デバイス
です。用語は正確に。

いやーすみません。いろいろと細かい御指導ありがとうございます。帰宅してＰＣを解体して確認しますのでご容赦願います。今後もおかしいところがありましたら指摘願います。

こんばんは　Jinです。
早速調べました。
　１．　外付けＣＤＲは「ＰＣＩ　ＳＣＳＩ−２　ＩＦＣ−ＮＰ」と記載がありました。
　２．　ＵＳＢの方は「ＵＳＢ−ＰＣＩ　ＶｅｒＢ」とありました。
ＣＰＵをＫ６−ＭＤ４６６−Ｎ３に変えているのですが、前に比べて起動時間が長くなったような気もします。これも関係するのでしょうか。

上でも指摘されていますが、お使いの環境をもうちょっとご自身でちゃんと把握なさった方が
いいと思いますよ。
それと情報はなるべく詳しく、より多くの情報を書き込んでみてください。その方が質問に
対するレスが付きやすいと思います。
＃どちらかというとPC-98掲示板向きの話題かもしれませんね。
例えばお使いの機種の型番は末尾まで詳しく書きましょう。PC-98は末尾の型番が若干
違っただけで全く違うマザーボードが使われていたりしますので。
OSは何をお使いなのでしょうか？その辺の情報も書かれた方がいいですね。USBをお使い
なのでWindows98だとは思うのですが、OSによってはUSBに問題を抱えている場合もあります。

PCIスロットには「IFC-NSP」と「USB-PCI」が取り付けられているのですね？
でもってSCSIボードの方にはCD-RWドライブとスキャナー（これらの型番も必要です）が
取り付けられていて、USBボードの方にはMOがついているのですね？
＃「USB用スカジーボード」という表現はしません。SCSIとUSBは全くの別物です。
とりあえず考えられる事としては各デバイスの接続不良とかSCSIケーブル長の問題とかが
あります。それぞれのデバイスの接続を今一度確認してみてください。
デバイスマネージャー上でデバイスが見えていても使用出来ないとなると、デバイスが完全に
認識されていない（ちょっと表現がおかしいですが）状態かと思われます。
なのでまずはケーブルとかケーブル長、及びターミネーターの設定とかを確認してみて、
問題解決しない場合は他の原因を探っていくといいと思います。
ちなみにUSBデバイスを取り外した状態だと挙動はどうなるのでしょうか？

どちらにしてももうちょっと詳しく情報を書き込んでみてください。
過去ログを参照するのもひとつの方法です。過去に同じ様な事例が有ったかもしれませんし、
情報の書き方等も参考になるはずです。

OSの起動時間はCPUアクセラレーターには関係ないと思いますよ。
＃これもHK6-MD466-N3ですね。
まぁ考えられる可能性として下駄の位相がずれてSCSIデバイスに何らかの影響が出たのかもしれませんが、こちらも原因の切り分けをしていかないとなんとも言えないと思います。

アドバイスありがとうございます。
下記が確認した結果です。

ＰＣ　　　：ＮＥＣＰＣ９８２１ＸＡ９／Ｃ４
ＯＳ　　　:Ｗｉｎｄｏｗ９８ＳＥ
ＯＤＰ :ＨＫ６−ＭＤ４６６−Ｎ３
スキャナー：ＳＣＡＮＴＯＵＣＨ１１０(Ｎｉｋｏｎ）
ＭＯ　　　：ＭｏｃｋｉｎｇＢｉｒｄＭＯ640ＰＷＲ(Ｆｕｊｉｔｓｕ）
ＣＤＲ　　：ＣＤＲ−４Ｘ（Ｃａｒａｖｅｌｌｅ）
メモリ　　：１２８ＭＢ
ＨＤ　　　：ＤＢＩ−Ｎ４．３ＧＴ（ＢＵＦＦＡＬＤ)
拡張LANボード：ＬＧＹ−９８Ｊ（ＢＵＦＦＡＬＤ)
　　　　　　：ＵＳＢ−ＰＣＩ　ＶｅｒＢ
　　　　　　：ＰＣＩＳＣＳＩ−２ ＩＦＣ−ＮＰ
以上ですが他に書きたりないところはないでしょうか。
よろしくお願いします。