もう少し詳しく環境を書いた方がいいですよ。
HDD、ZIP、スキャナーだけではどこのメーカーのものか全然わかりませんね。
このスレッドを読まれる方はあなたのお使いの環境については何も分からないのですから、助言を求めるのならばきちんと情報提示なさらないと無理だと思いますよ。

ケーブル長とかターミネーション、及びSCSI BIOSの設定等は確認なさったのでしょうか？
NEC純正SCSIボードの型番等の情報もないですねぇ。
あとCPUを元に戻したときはどうなのでしょうか？

SCSI機器が認識しない場合、ケーブル長とかターミネーションの状態等に不具合が考えられますね。
あとCPUを下駄を使って換装している場合、SCSI関係にトラブルは発生しやすいようですね。
N3下駄の位相を調整してみるといいかもしれません。
少なくてもSCSIカードを変更すると問題解決すると言うことは、既存の環境にCHANPONの組み合わせで問題が出ると言うことがわかりますね。となるとCHANPON以外の環境を少しずつ変更してみて問題の切り分けをしてみるといいかもしれません。
CPUをOCなさっているようですので、規定のクロックでどうなるかなど確認する部分は色々あると思いますよ。

スキャナやZIPでは、Ultra転送の必要がないですから、まず転送速度を下げてみるあたりでしょう。SCSIの BIOSメッセージが出たときに CTRL+A押しでメニューを呼んで、転送速度の設定をしてみて下さい。

>HDDとZIPとスキャナー
まさかと思いますがD-SUB25PINのケーブルをシリアルケーブルで代用している可能性が・・・・
あと、スキャナとZIPの内蔵ターミネータは信用しない方が良いでぃしょう。

「まりも」さんの御書きに成った転送速度が20MB/Sに成ったままの可能性が一番高いかも知れませんが。

スキャナへの接続ケーブルは概して長いし、ターミネータはCasper-01 さんのおっしゃる通りだし、規格違反している可能性が大のですよね。
ただ、Ultra転送速度はシステムの中に一台でもあればUltraの制約になるので、とりあえず全部のデバイスをFast(10MB/s)にする必要があるかもしれません。

皆様色々とありがとうございます。
実は今Ｃｕ１０が手元にないので下駄の位相等をいじって見ます。
転送速度ですが、Ｆａｓｔにしてみたいと思います。
あと環境ですが、ＺＩＰは富士フィルムの１００ＭＢです。
スキャナーはスキャンメーカーのＶ６００（？）だったと思います。
立ち上げるときに、ＳＣＳＩの情報が表示されると思うのですが、
その時点では、認識していました。（すべて、ＳＣＳＩ２でした）
とりあえず、色々と試してみようと思います。
また、お気付きの点がありましたら、ご指導ください。

因みにZIP-100と大抵のスキャナは同期転送には対応していません、つまりFastSCSI以前の規格でも十分な転送が可能です。
（HBAの転送「方式」は除く）

以前Xt13オンボードのHBAとSC-UPCIの2chでもケーブル長の問題で不安定で、（UltraSCSI機器が混在していた為）
DMA転送のHBAをC-BUSに増設してしのいだ事が有ります。
（HBAのコントローラに依ってはスキャナが動かない事が有りますのでご注意を）

スキャナは、SCSI1でつまり５Mで充分です。25pの接続ケーブルはSCSI用でしょうか？
それと、ZIPのターミネートSWもONになっていないですか？
スキャナのターミネータを使用せず、きちんとしたアクティブターミネータにしましょう。
私もより速いSCSIホストに交換したときに悩みましたが、結局転送速度見直しとターミネータで直りました。