何気なく考えていた事を実行しましたらブートさせることが出来ました。
１．接続。
　　LS-120 + AEC-7720UW + SC-UPCI の構成。
　　☆SCSI BIOS での LS-120 の扱いはリムーバブルＨＤとなっています。
２．ディスク。
　　3.5' FD 及び SUPER DISK の双方でブートできます。
　　ブートディスクの作製は、FDISK で領域確保を行いフォーマット・システム転送するだけ。
　　リムーバブルＨＤ扱いと言う事で判りますが、パーティションを切ることも可能。
　　☆3.5' FD は 1MB しか容量がないので切れません（笑
　　★通常のブートＦＤではブートできません。
３．確認ＯＳ。
　　Win98SE の起動ディスク内容をコピーして確認。
４．挙動。
　　ＯＳにより異なります。
　　Win98SE の場合はＯＳ起動後のデバイス扱いはリムーバブルディスクで、２．で作製した
　　ディスクにもアクセスできますし通常のＦＤにもアクセスできます。
　　Win2000(SP1) の場合はＯＳ起動後の扱いが LS-120 となっている為、２．で作製した
　　ディスクにはアクセスできず通常のＦＤ／ＳＵＰＥＲ ＤＩＳＫのみが扱えます。
５．確認したドライブ。
　　MITSUBISHI ELECTRIC MF357G-190UA
　　MITSUBISHI ELECTRIC MF357G-4111MAL
　　☆MF357G-190UA は 秋葉の地図５やじゃんぱら等で 1,980 で売られていた中古です。

以上、コストパフォーマンスの悪い裏技でした〜

なお MITSUBISHI の等速 LS-120 がオンボードＩＤＥで使えないと言う過去ログが有りましたが、両ドライブ共にプライマリ・マスター接続にて Ra20/N30 で使用可能でした。