あ、あの温度センサー付きって普通回転数コントロールとかではなくて、ファン回転数、温度をM/Bモニターに伝えるだけでは無いでしょうか。
回転数可変のファンも確かにありますし、ソフト側からファンコントロールする物もＡＴ機だとあるのですが…。
全然回っていないのなら断線とかコネクタがしっかり刺さっていないとか（汗

9821Raのファン出力でしたら、電流（電圧？）制限がかかっているので、あまりよくファンが回らない場合があります。

> 標準のファン（温度センサ付きファン）を付け替えた
Intel の採用しているクーラーに温度センサ付きの物は無いと思いますので、前オーナーが付けたのでしょうかね。

問題は、ファンケーブルの接続先です。
本当に温度センサ付きの物を付けたのでしたらファンケーブルは電源分岐コネクタで接続するべきで、マザーボードの元のコネクタに繋ぐべきではありません。
マザーボードの元コネクタに繋ぐのでしたらマザーに温度センサも配線する必要があります。
☆温度センサコネクタがオープンですとマザーの制御回路により出力電圧が低く抑えられています。
　ファンによってはこの低い電圧では回らない事も有ります。

これらの事が全くの勘違いで、元の PentiumII266 に付いていたクーラーを PentiumII400ES に付けたのでしたら、ＣＰＵがよほど熱くならない限りファンが回らないかも知れません。
☆上にも書きましたが、ファンにはバラツキが有り低い電圧で全く回らない物もあります。

最初に確認。
CPUとヒートシンクはちゃんと密着していますか？
ヒートシンクはちゃんと熱くなっているのでしょうか？
CPUのサーマルプレートと温度の差は無いですか？

私も標準のヒートシンクを（やっとこさ）外して、市販のヒートシンクの固定金具だけ流用して組み付けた事があります。
その時同様の症状を気にしたことがありました。
機種は同じくRa266（W30R）です。

オリジナルのヒートシンクはFANのコードが2線あり、それと温度センサーがネジ止めされています。
この温度センサーは温度が上がると通電すると言う単純なもので（ライターであぶってテスターで確認（爆））、どうしても回しつづけたいなら温度センサーの端子をショーとさせれば回りっぱなしになります。

400→366にダウンクロックになるんで随分発熱に余裕があるのか以前に比べて回り難いですが、Final Realityをソフトウエアで実行してる時、ヒートシンクに触ってみると結構熱くなっている・・・。
「いくらなんでもちょっと変じゃないか？」と思い、温度センサーの接合面にシリコングリスを塗りネジ止めしました。
すると以前よりちゃんと回る様になり、当然のことながら暫く立つと回転が止まると言うご機嫌な状態になりました。
1度試されては如何でしょうか？

追記：
最初に書いたようにダウンクロックになるので、普段Webブラウジングしている程度では全く回らなくなっていました。（＾＾；
ゲームでもやらない限りは回転しませんでした。
現在はkatmai 550を装着し、電源は分岐ケーブルで直接とって回りっぱなしになっています。

遅くなってすいません。
>これらの事が全くの勘違いで、元の PentiumII266 に付いていたクーラーを
>PentiumII400ES に付けたのでしたら、ＣＰＵがよほど熱くならない限りファンが回らな
>いかも知れません。

これです(^_^;)
標準のという表現がまずかったですね。
Ra266に付いてるNECのものです。

やはり相当負荷がかかってあつくならないと回らないのかな。

>この温度センサーは温度が上がると通電すると言う単純なもので（ライターであぶってテ
>スターで確認（爆））、どうしても回しつづけたいなら温度セン

これくらいしないとだめかな(^^;

"うわっ、こんなに熱くなって大丈夫かいな？" と思うくらい熱くなってから回ります（笑
もちろんながら個体差で軽く回っている機体も有りますけどね。
☆熱暴走が原因と思われるハングアップが出ていないのでしたら気にする必要は無いと思います。

DVDを３０分以上再生させても回りませんね。
これじゃ有って無いようなものですね(^^;
ちなみにGA-VDBよりGeForce2MXの方がスムーズに再生しました。
DirectX8.0a（パッチ当て）いれたらGeForce画面真っ暗になっちゃいました（涙）