どっちでも問題は無いと思いますが安い物であるならバルクを求めるしかありません。そうなると自然に内蔵となります。より安くとおっしゃるなら中古になります。これなら外付けも入ります。ただ、両方とも（特に９８に使うときは）保証は殆ど無いので気をつけてください。ソフトをお持ちで無い場合ライティングソフトの有無は確認必須ですよ。
ただ、ＡＴＡＰＩは内蔵Ｉ／Ｆが遅いのでＳＣＳＩの物を探しましょう。後はＷＩＮＣＤＲ（Aplix）のＨＰを見て対応機種一覧を見て買えば完璧です。

個人的には、あまりマイナーなドライブを買うと後でソフトやメディアの問題で苦労する可能性があるので定番と言われるようなドライブを買うことをお勧めします。

PlextorのUltraSCSI接続の内蔵型12倍速書き込みドライブ（読み出し32倍、書き換え4倍、Burn-Proofなし）でしたらじゃんぱら等で2万円以下の値段（つい最近17800円で中古を見ました）で見かけるようになりました。Ct20の標準内蔵CD-Rドライブは確かSCSI-2だったと思いますのでもしこのくらいの値段でこのドライブが出ていたらちょうどいいのではないでしょうか（UltraSCSIインターフェースですがSCSI-2でも問題無く動くと思います）。定評のあるPlextorのドライブですので悪くないと思います。

ウチのRv20でこのドライブを使っていますが、今のところ特に問題は出ていません（ちなみにPC-98には非対応ですが問題無く動いています）。

ええっと、内蔵ですとサイズやＣＤの挿入口や、イジェクトボタンの位置が
合わないのでは？
はずしていたら、すみません。m(__)m

＞ええっと、内蔵ですとサイズやＣＤの挿入口や、イジェクトボタンの位置が
言われてみればCt20って普通の5インチベイじゃなかったような気が・・・となると上の僕のレスは全くの役立たずになってしまいますね（汗）。

となると外付けドライブの方が良さそうですけど、外付けに関してはよくわからないです(^^;;)。

　標準で搭載されているのがＳＯＮＹのＣＤＵ９２４Ｓですので内蔵の場合はこれと同じ型の物で無いといけないのでＣＤＵ９４８Ｓが丁度良いのですが、やはり速度が遅いのがきつい所です。
　と言う事で外付けのドライブとなってしまうのでちょっと高くなってしまいますね。ＷｉｎＣＤＲ５でしたら９８でも体外のドライブは動くので自分の気に入ったドライブを購入すれば良いかと思います。（もちろんＷｉｎＣＤＲ５で認識可能なドライブになりますが。）また、トラブルを避けたいのであれば、ＩＤＥ→ＳＣＳＩのドライブは避けた方が良いかと思います。

外付けならロジテックの物が安めだと思います。確か、Rx8/RWx4/ROMx24位で14800−19800辺りで購入できたと思いますが（秋葉等で）旨く探せばヤマハ純正外付けドライブでRx8/RWx8/ROMx24の物も19800前後で入手可能かもしれないです。ただ、後者の比較的新しめなドライブだとWinCDRをUPしないと駄目かもしれないですがソフトも付いてるでしょうから、大丈夫だと思います。（もしかするとwinCDRだったかな・・・？）

そうですねっ。
外付けなら、イイかもです。
それに現行のＣＤＲを兼用とする事で、相互書き込みが出来ますからね。(^○^)

本体の外見を気にしないなら、フロントカバーのCDドライブ付近のパーツをばらして内蔵という手もあります。うちではCRX-1600S（外付けドライブ）をばらして内蔵しております。あと注意点ですが、この場合CDU924Sは取り外してしまうので買ってきたCD-Rドライブに98用のドライバがないとDOSで認識しません。うちにはパイオニアの外付けドライブがあったので助かりましたが・・・